1992年，全县收购生猪27.7万头，其中县国营食品公司仅收购2万头。1993年后，市食品公司逐步停止生猪收购。1996年5月1日起，全市实行生猪定点屠宰，生猪绝大部分由个体经营户收购后到定点屠宰场宰杀上市。

1996年5月1日起，全市实行生猪定点屠宰，至年末进点屠宰生猪10.58万头。1998年1月1日国务院《生猪屠宰管理条例》开始施行，市政府把生猪定点屠宰管理工作列入年内必须完成的12件实事之一，当年全市共定点屠宰生猪19.24万头。1999年开展生猪屠宰规范化管理达标活动，43个乡镇通过达标验收，占乡镇总数88%，实施活猪进点屠宰的乡镇比年初净增23个，共进点屠宰生猪20.08万头。2002年，市政府与各乡镇政府签订“生猪定点屠宰管理责任书”，全市共定点屠宰生猪21.63万头，定点屠宰达到100%。2003年，面对“非典”疫情影响，生猪货源紧张、市场管理难度加大，市委、市政府将生猪屠宰管理工作列入各镇全年目标管理内容，相关部门与生猪经营户、屠宰场、农贸市场等经营主体签订责任书，落实责任，明确奖惩，全市进点屠宰生猪21.87万头，占全年目标任务的104%。2005年8月，市内发生生猪高热病，市政府立即部署防控工作，从活猪进点屠宰、检疫、销售各个环节实行不间断跟踪管理，确保人民群众吃上“放心肉”。2006年推行外地猪肉准入管理制度，市政府办公室下发《通州市加强跨市境猪肉准入管理意见》，市区世纪联华、上海农工商、文峰千家惠三大超市为首批试点单位。2007年开展生猪肉品质量安全专项整治活动，组织有关职能部门负责人、各镇分管领导及各生猪屠宰场负责人集中收看“全国猪肉质量安全专项整治行动电视电话会议”。服务业发展局与全市24个屠宰场签订“通州市猪肉质量安全承诺书”。市生猪办在《通州大众》开辟专栏刊登《关于猪肉质量安全专项整治行动的通告》，编印《通州市猪肉质量安全专项整治工作简报》予以宣传，南通市经贸委生猪屠宰专项整治网站对其活动进行专题报道。2008年8月1日起贯彻国务院新修订的《生猪屠宰管理条例》。拍摄《为了老百姓吃上“放心肉”》专题片，在通州电视台播发，组织各屠宰场负责人、肉品检验员52人参加省经贸委在如东举办的生猪屠宰法律法规暨肉品检验员培训。2009年上半年开展打击私屠滥宰和病害死猪非法交易专项整治活动，市服务业发展局下发《关于加强甲型H1N1流感防控工作的通知》等文件，同时编印《生猪屠宰管理宣传资料》2000多份，分发给各个屠宰场、集贸市场、超市、集伙单位、“小刀手”，全市未发生生猪流感疫情。

1996年起，全市先后筹措资金1397.1万元，分别对乡镇生猪屠宰场进行迁建、扩建、维修和改造。市食品总公司投入近200万元，在金沙镇金北村新建一个占地5600多平方米机械化程度较高的生猪定点屠宰场。川港镇投入53万元建成乡镇第一家半机械化、半封闭式生猪屠宰场。2000年，进一步加强生猪定点屠宰场设施规范化建设和管理，对43个符合条件的重点生猪屠宰场统一核发由省编号的生猪定点屠宰场标志牌。2004年，对全市23个镇屠宰场资质条件进行现场评估，大部分屠宰场基本符合屠宰硬件设施要求，达到半机械化的最低标准。对不符合屠宰条件的生猪屠宰场予以关闭。2009年1月，按照“合理布局、适当集中、有利流通、方便群众”原则，对全市屠宰场进一步清理整顿，对原规模较小的金余屠宰场按照国家二星级标准进行升级改造，总投资300多万元，屠宰场占地面积达到8000平方米，建筑面积3000多平方米，引进一套每小时屠宰生猪70头以上的生产线，率先在全市实现屠宰、生产工艺、加工流程标准化。对达到标准的姜灶、石港、刘桥、十总、骑岸、北兴桥、平潮、兴东、先锋、金余、海晏、西亭12个生猪定点屠宰场进行换证申报，金余、平潮、先锋3个屠宰场获得南通市政府颁发的生猪定点屠宰证书。对不符合要求的责令限期整改。2009年6月底，全市共有定点屠宰场24个。

1996年起，按照生猪定点屠宰操作程序和生猪猪肉检疫检验操作程序规定，全市所有屠宰场严格执行凭生猪检疫证明进点屠宰生猪，实行屠宰与检疫同步，在农林部门实行检疫的同时，屠宰企业实行肉品出场合格检验制度，加盖检验印讫。同时建立生猪定点屠宰、生猪屠宰检疫、病害生猪及产品无害化处理、消毒等逐日登记制度。在检疫检验过程中，生猪定点屠宰场重点把好“三关”：把好“进场关”，进场生猪必须具有生猪产地动物检疫机构出具的有效检疫合格证明等手续，并经检疫人员检疫合格后进入屠宰场。把好“质量关”，严禁屠宰加工未经检疫的生猪，按照操作规程和技术要求屠宰生猪。把好“出场关”，出场肉品必须“两证两章”（检疫合格证、检验合格证、检疫花、检验花）齐全，对不合格生猪肉品，按规定进行无害化处理。1996年—2009年6月，全市共检出病害生猪及生猪产品2317头，全部按规定程序进行无害化处理。2008年7月，商务部和财政部颁布《生猪定点屠宰厂（场）病害猪无害化处理管理办法》，财政对病害猪损失和无害化处理费用予以补贴。至2009年6月，全市财政补贴病害猪损失费39.69万元，补贴无害化处理费26.36万元。