1993年，全市共有储粮仓库146幢，面积7.63万平方米，容量15.43万吨，其中有1个国家粮食储备库和1个地方粮食储备库。为确保全市粮食安全，确保仓储设施正常运转，1996年—2009年6月，全市共投入资金904万元，用于对仓储设施维修和改造。1997年，正场国家粮食储备库利用国家贴息贷款100万元，企业自筹资金60万元，新建仓库一幢，面积1826平方米，增加仓容量5000吨。2001年，国家进行第三批储备粮库建设，刘桥粮库争取到粮库扩建项目，利用国家投资1375万元，自筹资金280万元，新建仓库5幢，面积6450平方米，扩大仓容量2.5万吨。至2002年11月，项目投入使用，刘桥粮库总仓容量5万吨。2003年，刘桥粮库更名江苏刘桥粮食储备直属库，成为江苏省粮食局直属粮库。2009年6月底，全市共有粮食仓库面积4.33万平方米，容量10.66万吨。

1993—2000年，为提高粮食装卸能力和粮食保管质量，各粮食购销企业陆续添置新的粮仓机械设备。2001年后，通过整合，全市粮食保管逐步向正场、刘桥两个储备库集中，两单位加大投入，添置大量粮仓机械。至2009年6月，全市主要粮仓机械有：吊机8台、输送机28台、补仓机等设备14台、清理设备5台、汽车衡3台、电子计量器2台、烘干设备4台、通风设备17套、熏蒸设备4套。

1993年以前，全市粮管所、粮站、粮库的收购场地以砖场为主。1993年以后，随着粮食收购市场要求不断提高，粮食企业逐步对收购场地进行投资改造，至2009年6月，全市各粮食企业建成水泥晒场1.13万平方米。

仓虫防治  市内储粮主要害虫有：米象、玉米象、大谷盗、豆象、麦蛾、赤拟谷盗等。防治方法除搞好清洁卫生、消灭卫生死角、做到仓内面面光、仓外“三不留”（污水、杂草、砖石）、消灭害虫孳生场所外，主要有：高温、冷冻杀虫法（夏秋季粮食在高温48℃以上曝晒杀虫，冬季粮食出库在-5℃以下冷冻杀虫）；利用风力和筛选，使虫、粮分离；粮面压盖，阻止鳞翅类害虫羽化产卵；利用害虫上爬、群集、避光等生活习性，采用堆尖诱杀，毒饵诱杀防治。1998年以后，主要采用磷化铝粉熏蒸杀虫，杀虫效果好，科学经济。

“三低”储藏  “三低”指低温（粮温15℃以下）、低氧（含氧量4%～12%）、低磷化氢剂量（0.5～1克/立方米）。“三低”储藏能达到杀虫抑菌、保质保鲜、减少污染目的，是一种较为先进的保粮技术。1988年5月省粮食局下发《“三低”储粮技术规范化实施条例》以后，通州市全面推广“三低”储粮技术，保管率占总库存90%以上。

机械通风储粮  随着粮库基础条件改善，机械通风设备逐年添置。到2009年6月，全市共有轴流、离心式风机34台，单管通风设备4套。全市粮食企业使用的机械通风方法主要为地上笼通风和单管通风机通风。

电子测温  20世纪90年代初开始逐步推广电子测温技术，并从铁杆式电子测温计发展到微机测温系统。根据国家粮食储备局《粮情电子检测分析控制系统技术规程》，2003年，江苏刘桥粮食储备库扩建时，装备计算机控制的粮情检测系统。2005年，全市电子测温全面改用粮情测控系统。

烘干保管  随着粮食市场放开，农民将收获的粮食未经过充分曝晒直接出售，粮食水份偏高，不利于安全储存。为解决这一矛盾，正场、刘桥两个粮食储备库分别于2003年和2005年各添置2台烘干设备，将含水分较高的粮食进行烘干处理后再入库保管，确保储粮安全。

检测仪器  粮食检验以仪器检测为主，辅以感官检验。物理检测项目主要有水分、杂质、容重、出糙、色泽、气味等，化学检测项目主要有脂肪酸值、磷化物等。平时检测以物理检测为主。至2009年6月，全市粮食购销企业主要检测仪器有：容重器10台、砻谷机10台、出白机10台、电动粉碎机13台、天平20台、电子快速测水仪5台、粘度仪3台、脂肪酸值测定仪3台、粮食扦样器23台、分样器15台、烘箱5台、隧道式测水仪10台。

粮食购入和销出，在统购统销年代大部分由县粮食专业车船队承运，1993年粮食放开价格和经营后，粮食运输随之进入市场化运作，车船队的车辆和船只逐渐老化、报废，人员分流。1996年市粮油运输公司改制为职工人人持股的股份制企业，2001年，持股职工现金股全部退出，市粮油运输公司撤销。外购粮食全部由社会车船承运。2002年—2009年6月，全市外采外购粮食约70万吨。

1994年前，全市粮食系统开展“四无”（无虫害、无变质、无鼠雀、无事故）创建活动。二窎粮站、正场粮站、正场国储库等单位分别获得省粮食局颁发的“四无”免检单位称号。1994年3月，国家粮食储备局颁发《“四无粮仓”和“四无油罐”评定方法的补充规定》中增加检查“一符”内容，“一符”是指国有粮油仓库代国家储存的粮油要做到账物相符，即保管账、统计账、会计账与实物数量相符。1995年3月，省粮食局颁发《江苏省国家储备、省级专项储备粮食“一符”“三专”“四落实”的规定》（试行），“一符”指账物相符，“三专”指专仓储存、专人保管、专账记载，“四落实”指数量落实、质量落实、品种落实、地点落实，从而对粮食仓储创建从“四无”标准提高到“一符、四无、三专、四落实”标准。至2008年，全市各基层粮食购销企业积极开展“一符四无”粮仓创建活动，合格率连续多年保持100%。

1994年起，市粮食企业开始承储国家专项储备粮食，当年承储小麦1500吨、稻谷2400吨。1996—1999年和2001—2007年，国家储备粮食数量基本稳定在1.5万～1.6万吨之间。1996—2000年，市粮食企业承储国家储备油500吨，2000年全部调出。1993—2000年，市粮食企业承储省级储备粮食，年承储量在1000~8000吨之间，2000年末全部调出；2003年，市粮食企业恢复省级储备粮承储。1994起，市粮食企业建立地方油脂储备，年均储备500吨左右，2001年地方储备油脂退出储备范围。2008年恢复地方油脂储备。1993年—2009年6月，全市地方储备体系逐步完善，由原来分散储存逐步变为集中保管，主要由粮食购销公司和金沙粮食储备库负责承储，储备粮规模逐步扩大、存储量稳定。2009年6月，全市承储市级储备粮2.38万吨、油脂200吨，省级储备粮3.5万吨，中央储备粮3.5万吨。