1993年，全市有个体商户1.42万户、从业人员1.97万人，注册资金5295万元；私营商业企业116个、从业人员284人，注册资金3195万元。分布在城区、集镇和自然村，城区是全市商品的主要集散地。个体、私营商业凭借灵活的机制，在市场竞争中取得优势，占有市场份额逐渐增大。1996年，通州市第一个民营连锁超市企业圣水超市有限公司成立。1999年，上海农工商超市通州店开业，营业面积5000平方米，这是第一个外来民营连锁企业在通州市设立分店，标志着通州市大型私营商业经济起步。2002年，城区购物环境不断改善，网点布局日趋合理。文峰千家惠、苏果超市通州店、亿佳信服饰超市、非常鞋城等规模较大商场先后开业。几条主干道两旁专卖店、品牌店、便民店、便利店比比皆是。从市区建设路至通海路形成以农工商超市、通州广场、文峰千家惠、苏果超市等4个大型零售企业为主，沿街200多个中小门店为依托的商贸一条街。2003年，五交化总公司引进的佰富华购物中心、五星电器通州大卖场开业。2004年起，一批省内外知名商贸企业纷纷在通州设立连锁经营点，上海世纪联华、文峰大世界、苏中国际家具展销中心、苏宁电器、太平洋购物广场等相继登陆通州。当地商贸服务业企业也加快发展，仁寿大药房连锁公司成为南通地区首家通过GSP认证的药品零售企业。2006年，城区建设路南段东侧（北起新金路，南至大庆路）沿街建筑全部拆除，由上海鹏欣集团公司投资兴建金游城，2007年，通州润泰商业有限公司（大润发超市）和众多商贸企业、个体商户纷纷入驻，形成繁华商贸区。

2004年10月，位于川港镇的中国南通家纺城开工，至2009年6月，完成投资总额24.3亿元。区内道路、水、电、通信、网络等基础设施全部到位，其中占地15万平方米、建筑面积22.5万平方米、拥有1001套营业用房的一期面料市场功能片区于2005年末竣工，2006年3月交付使用，经营户开业率达100%。一期面料市场运营后，家纺城内又相继建成集家纺产业研究、家纺产品研发设计、商务洽谈等功能为一体，占地近3公顷、建筑面积3.8万平方米、总投资1.1亿元的南通家纺财富中心项目。2007年投资新建新村路商贸一条街和华兴路商贸一条街。2008年—2009年上半年，江苏亚伦集团投资18亿元，相继开工新建精品展示中心、面料市场二期、成品市场二期、会展（研发）中心等4个项目。南通汽运集团投资3.7亿元建成家纺城物流中心，建筑面积13万平方米，2009年初投入使用，年货物吞吐量50万吨，物流线路覆盖全国31个省会城市和65%以上的地级城市。

2009年6月，全市共有个体工商户5.78万户、从业人员7.56万人，注册资金24.02亿元；私营商业企业6950个、从业人员4.83万人，注册资金179.66亿元。全市形成综合经营与专业经营互补、高中低档齐全、城镇商业中心与乡村商业网点配套格局。