1993年，市供销社棉花收购业务继续由棉麻总公司委托各地基层供销社直接向棉农收购，全市设53个收花站、点，有收购人员1500人左右，收购站、点的收购范围，均以经济区为主。收购中严格执行国家棉花收购政策，现金结算，不打白条。国家为鼓励农民种好棉花，春季根据农户植棉面积，签订定购合同。同时发放棉花预购定金（贴息贷款），此定金在棉农交售棉花中期，从售棉款中扣收，不计利息。1993年共发放贴息贷款1454万元，全市供销社收购皮棉1.49万吨。1994年起，棉花购销逐步放开经营、放开市场、放开价格，不再签订棉花定购合同，取消棉花预购定金。1997年，市棉麻总公司开展科技兴棉活动，在全市建立棉花丰产方32个、面积530多公顷，高产示范户729个、面积97公顷。是年收购皮棉1.4万吨。市棉麻总公司被省供销合作总社评为科技兴棉先进单位。1998年，国务院发出42号文件，决定从1999年9月1日新棉上市起，棉花购销价格主要由市场调节，随行就市，国家不再作统一规定，并决定除供销社可以收购、经营棉花外，纺织企业、国营农场、良种场等经资格认定后均可收购、加工和经营棉花。由于国家棉花收购政策调整，全市棉花种植面积减少45%，当年只收购皮棉1750吨，比上年下降83.75%。2000年，市内收购皮棉6400吨。市棉麻总公司派员数次赴山东、湖南、新疆、武汉等地，组织经营皮棉8000多吨，外购外销总量在公司历史上第一次超过当地购销量。

2002年，按照社企分开原则，市棉麻总公司实施资产整体出售改制，社有资产全部退出，成立市闰丰棉麻有限公司，形成经营层控股、经营者持大股的股权结构。2003年，公司收购皮棉4.3万吨，在全省同行业县（市）级公司中名列第一。2004—2006年，因棉花收购价格下滑，农民种植积极性不高，种植面积减少，棉花购销量大幅减少。2008年与南京、盐城等地企业开展工贸合作，收购、加工、销售棉花，全年经营皮棉5000吨。1993—2008年，市供销社系统累计收购皮棉18.09万吨。

1993年，市供销社系统有茧站35个，收购蚕茧2299吨。1996年，受市场茧价大幅度下降影响，供销社系统茧站由35个减少到22个，仅收购蚕茧787.5吨。此后，市内湖桑面积大幅缩减。1998年，供销社茧站收购蚕茧705吨，占全市收购量70%。2002年成立以市丝绸公司、南通惠丰茧业有限公司为依托的股份制蚕茧合作社5个，2008年增至9个。2009年1—6月，市供销社茧站收购蚕茧201吨。