1993年，全市商业系统有15个国营、集体商业企业，下设332个网点，分布于金沙、三余、石港、平潮4镇和国营南通农场，职工2649人。其中国营商业企业11个（百货总公司、食品总公司、五交化总公司、糖烟酒总公司、蔬菜副食品总公司、三余商业公司、石港商业批发总公司、平潮万百批发总公司、江边商业公司、国营平潮饭店、饮食服务总公司），网点82个；集体商业企业4个（华联商业总公司、三余集体商业管理委员会、平潮商业公司、石港凤凰工贸总公司），网点250个。随着市场经济的逐步繁荣，1995年国营商业企业兴建、扩建、改建形成一个小高潮。百货总公司投资2500万元，在人民路与交通路交叉口东北侧翻建扩建市百一店，成为当时市内规模最大、设施最好的零售门店；1996年又在建设路南段东侧新建5000平方米百货商城。石港商业批发总公司在石港镇人民路繁华地段，与房产公司合建一幢2100平方米百货大楼。平潮万百批发总公司在平潮镇人民路中心地段新建一幢2200平方米百货商厦。新建、改建、扩建商场的资金都由银行贷款。1996年全市进行旧城改造，众多临街国营集体商业门店被拆除，大多数职工向开发商租赁新建门店经营。1996—1999年，个体、私营商业迅速发展，国营、集体商业企业由于体制僵化、机制不活、负担过重及先售后股改革后显露的弊端等因素，在市场竞争中逐步衰退。2000—2002年，百货总公司、五交化总公司等企业所属商场先后抵债给银行，再由银行出租给相关企业的职工个人或社会自然人经营。2002年，平潮万百批发总公司和石港商业批发总公司相继破产。2002年12月10日，全市最大的商贸大楼之一——市百货总公司所属百货商厦因旧城改造整体被爆破拆除。2005年，市糖烟酒总公司破产。至2009年6月，国营、集体商业网点（外来商业企业除外）全部被个体、私营商业替代。