1992年，全县国营商业销售额2.62亿元，集体商业销售额1.38亿元。1993年，通州市商业系统所属国营、集体商业企业共有15个，下设332个网点。国营商业企业以批发为主，兼营零售业务。集体商业企业以零售为主。1993年以后，随着商品逐步取消计划分配供应，企业可跨行业经营，并可直接向生产厂家购货，个体、私营商业迅速发展，国营、集体商业企业受到冲击。在1996年以后的旧城改造中，不少国营、集体商业门店被拆除，营业额急剧下降。2001年起，商业系统全面进行“双置换”改革，国有资产逐渐退出。2004年7月，按照市委、市政府《关于市属企业实行属地管理的工作意见》，商贸系统改制完毕的直属商业企业陆续移交给所在镇管理。至2009年6月底，商业系统所属国营集体商业企业仅剩市食品总公司和五交化总公司2个。已置换身份的国营、集体商业人员，多数加入个体、私营商业队伍。