1993年前，县供销合作社商业实行承包经营责任制和经理负责制，采取“基数承包、超利分成”“定额包干、见利分成”“联利联销计酬”“利润大包干”和“计效工资”等办法搞活经营和分配。1993年，全市供销社系统有10个市属专业公司、22个基层供销社、28个分社，干部职工6029人。另有供销社归口管理的65个集体商业企业，干部职工4123人。在承包经营基础上，市供销合作总社下发《加快供销社经济发展的基本奖励办法》，鼓励引进外资、向外开拓，扩大销售和兴办实业，奖励标准按创利实绩分成，上不封顶；对完不成任务的基层单位和个人，实行相应经济扣罚，下不保底。1994年，加大激励、惩罚力度，实行资产增值责任制及亏损赔偿制度。1998年，对比较大的工业品商场和门市部采取集体抽资、风险抵押、星级管理、联销计酬的改制措施。先在姜灶供销社工业品商场试点，抽回商品资金53万元。对边远微亏的门店和其他亏损部门采取将柜组商品资金全部抽回，由职工自筹资金、自主经营、自负税费、自行分配，独立承担民事责任的方式，先后在西亭、恒兴、五窑、平东、横港、余北、新联、唐洪等8个基层供销社（分社）试点，共抽回商品资金170万元。至年末，有7个企业实行集体承包经营，39个基层供销社（分社）实行柜组抽资经营，抽回资本金总计1831万元。

股份合作制  1993年12月在兴仁供销社进行完善股份合作制试点。兴仁供销社资产总额133.12万元，全部作为企业股归供销社集体所有，筹集职工个人股12.8万元。1994年对全市17个基层供销社（分社）进行完善股份合作制改革，吸收股金2929万元，其中个人股660.64万元。1996年，根据市委、市政府有关产权制度改革规定和要求，对集体商业企业实行“先售后股”、对供销合作社企业实行以“增量扩股”为主要形式产权制度改革。先选择不同类型有代表性的兴仁供销社、三余供销社忠义分社、平潮供销社李港分社、市供销物资总公司等4个企业进行试点，然后在全系统推开。至年末，完成“先售后股”改革企业25个，出售资产44.74万元，到账股金552.2万元；完成“增量扩股”改革企业60个，职工购股额2368.63万元。1998年，对35个运转正常的集体商业企业进行股权流转，实行经营层持大股。

出  售  1998年起，对30个运转不正常的集体商业企业，全面实施抽资出售，抽回集体所有资金，资产公开出售，职工挂靠企业自己缴纳养老保险。2000年，供销合作社企业实施以资产整体出售为主要形式的产权制度改革。海晏供销社海丰购销站和兴仁、横港、五接、李港、平南、石港、海晏、北兴桥、金乐、四安、观音山、姜灶12个基层供销社先后完成资产整体出售，平东、赵甸、袁灶3个基层供销社实施切块出售，共收回净资产9.26万元。2001年完成西亭、十总、庆丰、二窎、五甲、五窑、新坝、新联、五总9个基层供销社资产整体出售，收回净资产213.12万元。至2009年6月底，共有28个供销合作企业进行资产出售改制，占企业总数43.75%。

“双置换”改革  2001年起，供销系统推行“双置换”改革，当年市日杂果品公司、市通旺公司、市金城供销总公司、市中洲商贸公司、市供销对外经贸公司5个企业完成“双置换”改革，共有120名职工置换身份，置换金额108万元。2008年，石南、刘桥、金西、金余、余西、袁灶6个基层供销社完成“双置换”改革，175名职工置换身份，80名职工内退。至2009年6月底，供销系统共有31个企业完成“双置换”改革，置换人员身份或变更劳动合同5126人。

破  产  2001年8月，平潮供销社财务报表总资产为599万元（不包括土地），总负债874万元，资产负债率146%，无法正常经营，经市人民法院裁定，依法宣告破产。企业破产后，在职职工81人全部进入通州市劳动就业管理中心，离退休职工41人交由劳动和社会保障局实行退休金社会化发放。2002年5月—2005年5月，三余、二甲、北兴桥3个基层供销社和市供销大厦因经营不善、资不抵债宣告破产。

至2009年6月底，全市供销社系统64个供销合作社企业中，28个企业完成整体出售改革，31个企业完成“双置换”改革，5个企业破产；65个集体商业企业中，商业联合总公司未进行改制，64个企业资产全部退出，因改制成本不足，458名职工未置换身份，人事关系挂靠市商业联合总公司，由个人自交养老保险基金。