1993年，物资系统有金属、木材、建材、燃料、机电等13个公司，职工总数956人。12月组建通州市物资集团总公司。集团总公司由核心层企业（市物资总公司）、紧密层企业（直属的13个企业）、半紧密层企业（集团总公司参股但未达到有控股权的企业）、松散层企业（与集团总公司紧密层企业建立比较稳定协作关系的企业）组成，是一个多层次法人联合体。核心企业和紧密层企业都具有法人资格，自主经营、独立核算、自负盈亏。

1997年，市物资集团总公司针对系统内大多数企业经营难以为继、亏损包袱加重、多年来形成的各种深层次矛盾和问题不断暴露的现实情况，对所属困难企业实行人、财、物一体化集团运作。对重大资产、债权债务实行统一计划，分别管理、经营。对资金统一调控，专门成立财务结算中心、资金清算办公室、群众集资款兑付办公室等机构，重新调整充实党委办、行政办、业务、审计等部门人员。集团化运作减轻下属企业内外部压力和负担，避免资产流失。同年，市物资集团总公司为改变系统内企业经营重复、相似状况，将木材、建材2个公司合并重组，使有限资产得到统一调度，有效利用，增强整体经营竞争实力。同时，为加强业务管理，堵塞经营漏洞，集团总公司积极探索新的经营管理方式，根据企业运转情况，实施阶梯式1～5级级别管理。对运转企业重点推进1～2级管理，促进经营业务开展。金属材料总公司的代理制和统购分销在原有基础上得到新的发展。液化气公司和威龙公司由分散进货，改为2家联合统一进货，实行统购分销，既扩大进货规模，又降低进货成本。对资金形不成规模，经营处于停止或半停止的企业重点推进4～5级管理。对经营困难的燃料、木建2个重点企业资产进行抵押招标经营。

股份合作制  1996年，市物资系统全面推行企业股份合作制改革。3—4月对所属朝阳物资公司进行改革试点；5—6月扩大试点，平潮煤球厂和化轻公司同时进行改制；7月起全面推开，至9月底所属13个企业均完成改制任务。在改制形式上，实行先售后股的6个，增量扩股的2个，分立重组的5个。全系统共募集股金958.1万元。

企业所有制结构调整  1998年，市物资集团总公司采取实事求是、积极稳妥、一企一策办法推进物资企业所有制结构调整。上半年对通海物资公司实行资产抽资租赁承包经营改革。9月以后对其他企业确定多种形式的改调方案，其中对机电设备总公司观音山站进行出售，将金属材料总公司平潮分公司划出成立平潮物资公司，对生产资料公司重新改制成立新的企业。

企业破产和“双置换”改革  1996年产权制度改革和1998年所有制结构调整后，企业职工吃“大锅饭”现象没有根本改变，经营仍不见好转。1999年5月26日，石港、通海2个企业进入破产程序，12月底破产结束；2001年5月，机电总公司依法进入破产程序，12月破产结束。2002年1月至2004年6月，对燃料总公司等9个企业进行“双置换”改革。至此，物资系统除平潮物资公司、平潮威龙燃化有限公司2个企业，共23名员工外，其余11个企业全部完成改制任务，共分流职工982人。