1993年以前，南通县粮食经营沿袭计划经济模式。粮食局下设4个公司、5个直属粮库、9个粮管所，粮管所下辖53个粮站和5个粮库，共有职工1465人。1993年4月起，粮食放开价格和经营，粮食企业开始走上自主经营、自负盈亏之路，实行跨行跨业、开拓经营，涉及行业有加工、服务、种植、养殖等。1998年6月6日，中央电视台《新闻联播》节目头条播出《通州市粮食系统“跳”出粮囤求发展》新闻。1999年12月，对10个政策性粮食流通企业（粮管所、直属库）实行政策性（主营）经营与商业性（附营）经营两线分开运行改革。按照《通州市国有粮食企业附营业务与收储任务分离实施方案》，首先在二甲粮管所完成主附营分离试点工作，然后陆续推开。到2000年末，金沙、二甲、三余等9个粮管所和通州市正场国家粮食储备库主附营分离基本到位，9个粮管所增挂“粮食分公司”牌子，正场国家粮食储备库增挂“通州市正场粮油综合贸易部”牌子，实行“两块牌子、一套班子，分别核算”模式。在实施两线运行的同时，分别建立通州市粮油交易批发市场和通州市粮食购销总公司。2003年8月成立军粮供应站。

资产重组  1997年，市粮食局针对粮食企业收购、储存、加工、销售各自为政，小而散，单打一的状况，对企业结构进行调整。3月，在二甲地区进行厂、库资产重组调整试点，将二甲粮库、站整建制地划归通州市如意面粉有限公司。随后又将金沙粮库、站整建制划归金沙米厂。重组合并后，较好地发挥人地优势，拓宽经营业务，促进效益增长，如意面粉有限公司重组当年实现利润150万元，同比增长33.3%。2006年3月，市粮食局进一步深化粮食购销企业改革，理顺管理和财务核算体制，提高资产整体使用效率和经济效益，对部分购销企业资产重新整合，江苏刘桥粮食储备直属库兼并刘桥粮食管理所，江苏南通正场国家粮食储备库兼并兴仁粮食管理所，十总粮食管理所兼并三余粮食管理所。兼并重组后被兼并方资产、人员和社会保险等均由兼并方统一管理。

破产、注销、歇业  市粮油贸易公司、粮油运输公司、天谷粮油贸易中心、粮油饲料公司4个非政策性流通企业因资金匮乏、冗员多、包袱重，诸多困难和矛盾无法依靠自身力量解决。市粮食局按照“一企一策”要求，于2001年分别对这4个企业进行彻底改革，市粮油贸易公司、市粮油饲料公司依法破产，市天谷粮贸中心和粮油运输公司分别歇业，4个企业依法退出粮食市场。共分流职工105人。

“双置换”改革  根据国务院《关于进一步深化粮食流通体制改革的意见》和省政府《关于全面推进粮食购销市场化改革的实施意见》精神，2001年3月市粮食局下发《关于深化粮食企业改革的实施细则》，采取“先分流人员后出售资产”模式，全面进行粮食系统产权制度改革。至2002年5月，全市11个政策性粮食流通企业（包括下属54个非独立核算粮库站）共置换职工身份867人，占应置换人数100%，发放经济补偿金909万元，支付医保中心退休职工医保费332万元。其后，各粮企又返聘56人，其中，2个储备库各返聘8人，聘期1年，企业法人代表由粮食局聘任，总账会计由局委派。2001年8月开始，对54个粮站（库）资产原则上进行整体出售，有困难的可分块出售，资产变现经过合法程序，实行阳光操作，至2002年8月底，整体出售的有30个，部分出售的有7个，共变现国有资产1057万元，全部上交市财政用于企业职工身份置换补偿；未能出售的17个粮库（站）资产由所属粮管所管理。通州粮食流通企业“先分流人员后改制”改革模式得到国家、省、南通市三级粮食行政主管部门充分肯定，2002年在全省粮食工作会议上进行介绍。

至2009年6月底，市粮食局下设机构有：金沙、余西（原二甲）、十总、石港、平潮、张芝山6个粮食管理所和江苏南通正场国家粮食储备库、江苏刘桥粮食储备直属库及通州市粮食购销总公司（局办）、通州市粮油交易批发市场（局办）、通州市军粮供应站共11个企事业单位，有职工60人。