1993—2008年，通州市建工系统继续实行质量否决制、过程三检制、工程质量终身负责制等项目质量管理制度，采取全员参与、综合治理措施，以确保工程质量，全系统无一例不合格工程，未发生一起重大质量事故。每年组织开展一次以“讲诚信、保质量”为主题的质量月活动，促进企业质量管理措施落实到位。开展评定优质工程活动，共评出通州市级优质工程166项、63.74万平方米。全市优质工程数量从1993年6项、9273平方米，增加到2004年的29项、14.98万平方米。2005年起，设立通州市建筑工程质量“通州杯”奖，至2008年末，市内有78项工程获“通州杯”奖。

1994年，为加强市内建筑市场与质量安全管理，成立通州市建筑工程管理处。1995年9月，成立市建筑工程质量检测中心，挂靠市建筑科技研究所，接受有关部门、施工单位委托，为进入现场的建筑材料、工程施工质量提供检测服务。2002年，该检测机构从市建工局划出，与市建设工程质量监督站所属检测站合并。

1997年，为攻克工程施工、管理中的质量问题，预防和减少工程质量通病的发生，市建管局组织企业开展QC小组攻关活动，有4项成果在省以上获奖。1999年10月，南通四建公司南京军区南京总医院QC小组作为建设部推荐的全国建设行业唯一代表，参加在菲律宾首都马尼拉召开的国际质量管理小组年会。2000—2008年，市建管局组织召开九届建筑业QC小组成果发布会，发布QC小组成果417项，并择优向上级主管部门推荐上报，有87项QC小组成果在省以上获奖。南通四建公司红外光电实验大楼QC小组、通州建总公司十新QC小组、通州四建公司江苏水利大厦外墙面砖贴面QC小组等37个QC小组先后被评为全国工程建设优秀质量管理小组。