1993年初，通州市建筑工程管理局与建筑工程总公司为两块牌子、一套班子，既是建工系统的行业管理机构，又是建筑经营单位；1998年2月，政企分开，总公司转为经济实体，建管局列入市政府工作部门。2002年2月，建管局改为市政府直属正科级事业单位，由政府授权履行对全市建筑行业的行政管理职能。1994年5月，成立通州市建筑工程管理处，受主管局委托承担建筑市场和行业管理职能，对建筑施工安全生产进行执法监督。2003年2月，市建筑工程管理处增挂“通州市建筑安全生产监督站”牌子，负责通州市内建筑安装工程安全监督管理。

1993年初，市建管局（总公司）设有新疆、内蒙古、大庆、七台河、湖北、贵州、山西、海南、北京、上海、南京、徐州、苏州、南通共14个办事处（工程处），主要负责对驻外施工队伍的管理。1995—1996年，湖北办事处撤销，北京办事处整体划转南通四建公司管理。1998年2月建工体制改革，对驻外办事处进行较大幅度调整。局与总公司政企分开后，办事处职能逐步弱化；同时，由于国内建筑市场日趋成熟，多数驻外办事处相继撤销，至2008年末，仅保留南京、南通两个办事处。