通州建筑业以推广应用建设部10项新技术为主线，加大科技投入，开展科技攻关，推进技术创新，严格淘汰落后工艺，不断提高新技术研发、应用水平，涌现出一大批科技先进典型。1993—2008年，有5个企业被评为国家、省级科技进步、技术创新企业，南通四建公司、通州四建公司被建设部评为“十五”全国建筑业技术创新先进企业。全系统获得省、市科技进步奖18项，国家实用新型专利37项；375项工程被评为国家和省级新技术应用示范工程；创新施工工艺，发布施工工法62项，其中28项被评为国家和省级工法。

1993年，市建管局制定促进建筑系统技术进步的相关规定，并以局上年度行政经费的1%和企业依靠科技进步取得效益的4%建立科技开发基金，专项用于科技开发和新技术推广应用，促进一大批新技术自主研发和推广应用。

1995年，通州建总公司第二分公司在南通王府大厦深基础施工中，采用四级井点排水工艺，降水深度达到-15.7米，创造-10米深基础施工作业人员不湿鞋的范例。同年，南通新华公司承建江苏省外贸业务楼二期工程，应用粗钢筋综合连接技术、模板和支撑综合技术、挑梁支承电动升降脚手架等新技术，增加经济收益350万元，缩短计划工期5%，1998年被列为全国建筑业新技术应用银牌示范工程，并获江苏省建筑业施工技术进步二等奖。

1996年，市基础工程公司完成悬臂式钻孔灌注桩在深基坑中的应用项目，后获省水利厅科技进步二等奖。通州建总公司完成的高空滑移脚手架科研项目获1999年度江苏省建筑业施工技术进步一等奖，混凝土快速抹面成套技术和高耸桥墩倒模提架施工成套技术分获2001年、2002年度省科技进步三等奖。南通新华公司在南京文化艺术中心施工中，32.3米超高层预应力混凝土平台梁模板支撑体系、全通透点驳接拉杆网架椭圆锥台型玻璃幕墙施工技术和超长复杂预应力框架分段张拉技术应用等有重大创新，其主要创新技术获2003年度南通市科技进步一等奖。

为提高塔式起重机安装效率，降低安装使用成本，避免施工现场现浇混凝土基础对工程后续施工带来的不利影响，市建筑科技研究所与通州建总公司经过6年研究试验，共同开发塔式起重机分块拼装式固定基础回收利用成套技术——FPJ成套技术，1999年通过省级鉴定。该项技术一改以往塔式起重机基础必须现场浇筑，施工结束只能报废，还要花费大量人力进行清理的弊端，使塔式起重机基础可以预制，并可重复使用，安装前地基处理和拆卸后现场清理简便。当年，建工系统应用此项技术181次，共节约成本165万元，获工期提前奖1500万元，2000年获省科技进步三等奖，并由省建管局发文在全省推广，《塔机分块拼装式固定基础施工工法》被评为省级工法。

2003年，南通四建公司研制的高耸烟囱提升脚手架翻模板装置，采用无水平接缝工艺，有效提高高耸构筑物施工质量、安全和进度。

此外，通州建总公司、南通新华公司在工程施工实践中总结形成的《板式转换层混凝土厚板施工工法》和《ALC板内墙隔断非承重墙安装工法》分别于2001年、2002年被建设部批准为国家级工法。全市另有《高空桥式滑移脚手架施工工法》《粉煤灰加气砼砌块砌筑工法》《钢骨砼柱施工工法》等26项工法被评为省级工法。2002—2005年，通州建总公司承建的南京宏安大厦、南京东渡城市广场，通州四建公司承建的江苏省电信技术业务综合楼和江苏国际图书中心，南通四建公司承建的南京军区南京总医院门诊楼5项工程，分别被列为全国第四、五批新技术应用示范工程。在南京宏安大厦、江苏省电信技术业务综合楼施工中，创新了板式转换层混凝土厚板施工和钢管柱节点构造及施工技术。2005年，市建管局、通州建总公司分别主编完成地方标准《江苏省建筑施工技术操作规程》电气工程和智能化工程分册，是该规程24个分册中仅有的两家县级主编单位。