1993年，全市注册登记的建筑企业392个，注册资本2.63亿元，其中，公有企业384个、私营企业8个，注册资本分别为2.61亿元和176万元。列入统计范围的乡镇集体以上建筑企业72个，与1992年持平，其中，属市建管局管理的建工系统有市属企业4个、乡镇建筑企业50个，其余非建工系统的建筑企业分别由企业所在系统主管部门如市城建委、交通、水利、农机、供电局管理。1996年起，列入统计范围改为四级以上资质企业，当年共77个。2000年，全市注册登记的建筑企业305个，其中，公有企业271个，注册资本2.48亿元；私营企业34个，注册资本6954万元。列入统计范围的建筑企业102个。

2001年初，南通市行政区划调整，通州建筑企业数量减少。2003年3月，市政府决定全市建筑业企业归口由市建管局统一管理，原属市建设、交通、水利、农机、供电系统的建筑企业全部划入建工系统。2005年末，全市注册登记的建筑企业380个，其中公有企业100个，注册资本6.68亿元；私营企业280个，注册资本14.14亿元。由市建管局进行行业管理的建筑企业117个，至2008年末增加到149个。

1992年，南通四建公司符合建设部1984年颁发的企业资质管理规定和标准，获得工民建一级资质。1993—1998年，有5个企业获得工民建一级资质，其中，通州建总公司、南通新华公司分别于1996年初和年末获得，通州四建公司、通州市第二建筑公司、南通永峰建筑公司于1998年末获得。2001年，执行建设部新出台的资质管理规定，将建筑企业资质分为施工总承包、专业承包和劳务分包三个序列，并按建筑企业资质新标准重新就位，至2002年，除上述6个企业均就位房屋建筑总承包一级资质外，南通通博设备安装工程有限公司、通州市通宁设备安装有限公司、通州市基础工程总公司亦成功就位专业承包一级资质。2004年，南通四建集团有限公司晋升房屋建筑总承包特级资质。2005年，南通英雄建筑安装工程有限公司、通州长城建筑安装工程有限公司晋升为房屋建筑工程总承包一级资质。2006年，通州建总集团有限公司晋升为房屋建筑总承包特级资质、南通卓强建设工程有限公司晋升为房屋建筑工程总承包一级资质。2007年，南通新华建筑集团有限公司晋升房屋建筑总承包特级资质。2008年，江苏华东工业设备安装股份有限公司晋升化工石油工程施工总承包一级资质、南通扬子设备安装有限公司晋升机电设备安装工程总承包一级资质。7月，执行建设部规定，市建管局不再审批电梯安装企业资质，南通四建电梯工程有限公司、南通振兴电梯安装有限公司、通州市升贤电梯有限公司3个电梯安装资质企业划出建工系统。2008年末，市建工系统共有特级资质总承包企业3个，一级资质总承包企业6个，一级资质专业承包企业16个，二级资质总承包企业16个，二级资质专业承包企业25个，三级资质总承包企业23个，三级资质专业承包企业60个。另有劳务分包企业40个。