1995年以前，通州市建工系统建筑企业分为国有和集体两种。南通市第四建筑安装工程公司（简称南通四建公司）、通州市建筑安装工程总公司（简称通州建总公司）和通州市设备安装公司为市属国有企业；南通市新华建筑安装工程公司（简称南通新华公司）为市属大集体企业；各乡镇所辖建筑企业均为乡镇集体企业。为加快推进建筑业发展，1996年，对乡镇集体建筑企业采取部分出售或整体出售、增量扩股的方法，进行第一轮产权制度改革。这次改革主要是推行股份制和股份合作制。6—7月，市委、市政府先后召开市属企业和乡镇企业产权制度改革工作会议；8月，授权市建管局具体组织指导建筑企业改制工作，并下发《通州市建筑企业产权制度改革试行意见》。按照分步推进总体部署，选择7个企业先行试点。11月，整个行业改制工作全面推开，至1997年3月结束。全市有59个建筑企业完成改制任务，其中，改为股份合作制44个，改为有限责任公司14个，改为股份有限公司1个；共出售净资产3150万元，募集股本金总额2.68亿元。嗣后，改革在部分企业逐步深化。1999年，通州市第四建筑工程公司（简称通州四建公司）以股权结构转换为重点，深化产权制度改革，共增资扩股1180万元，企业注册资本定为3078万元，其中政府持股占28.9%，自然人持股占71.1%，股东人数由178人减少到41人，股权逐步向经营层流转。

2000年，在总结第一轮改制经验和教训基础上，全面启动第二轮产权制度改革，采用先集体后国有、先试点后铺开方法逐步推进。1月，市政府发出《关于进一步推进全市建筑企业改革与发展的意见》，召开全市建筑企业改革试点工作会议后，即在石港、平潮、新坝、二窎、金西、新联6个乡镇的建筑企业进行试点。通过资产摸底、评估和审核确认，按照“谁投资，谁受益”原则进行产权界定，对非经营性资产进行剥离、合理设置股权、公有资产退出等步骤，进行产权制度改革。4月4日，市委、市政府召开全市建筑企业深化改革动员大会，企业改制全面推进。二轮改制中，重点推进股权内部流转，促使公有资产有序退出，以实现经营层控股，主体经营者持大股的基本目标。至年末，70多个改制企业中，乡镇建筑企业公有资产基本退出；规模大的企业股东在50个以内，中等企业股东在20个以内，主体经营者持股15%～20%；小型企业股东2～5个，主体经营者持股30%～50%，最高80%。

2001年初开始推动国有建筑企业改革，至2003年，建工系统南通四建公司、通州建总公司和市设备安装公司先后改制成有限责任公司，国有资产全部退出。非建工系统的国有建筑企业改制工作也同步实施。

至2008年末，全市建工系统149个企业，仍有7个公有企业，其余国有和集体建筑企业全部改制成民营企业。149个企业按注册登记类型分，国有企业2个、集体企业5个、私营企业44个、股份有限公司2个、有限责任公司93个、中外合资企业2个、港澳台商独资企业1个。