1997年，全市开展工业结构调整促进年活动，在二甲、西亭、三余、石港、姜灶5个镇试点，有91个企业进行所有制结构调整，集体股份从企业中退出，实现主体经营者持大股的目标。1998年，在所有制结构调整的同时，完善配套改革，强化“三计”（会计、统计、审计）工作，着力培植骨干企业、混合型经济、个体私营经济，推进规模经济、科技进步、外向开拓发展战略。1999年7月，市委、市政府实施“成长型企业”发展计划，确定江苏综艺集团、江苏亚纶集团股份有限公司、南通江海电容器厂、江苏东源电器集团股份有限公司等14个生产专业化程度较高、经济规模较大、市场竞争能力较强、经营业绩较好的企业为“成长型企业”。2000年末，市委八届十二次全体（扩大）会议确定实施“五大结构调整”（产品、技术、产业、投资、企业结构）战略。2001年，制定《全市工业结构调整实施意见》，成立市工业结构调整工作小组，各镇和市直各部门也建立相应机构，把工业结构调整的主要内容、目标任务分解落实到各镇、各部门，实行定指标、定时间、定责任、定措施、定奖惩的“五定”目标管理责任制，挂图作业，随时反映进度情况。2006年，进一步优化经济结构，构建创业平台，推进全民创业，提高百户家庭创业率与新办企业开工率，提升民营经济发展的质量和效率。2008年，应对国际金融危机，积极转变发展方式，保持工业经济稳步增长，全市家纺服装、机械电子、船舶海工、食品、新能源五大支柱产业，全年实现工业总产值在规模工业中占比70%以上。