1993年，全市有医药制造企业4个，平均从业人数873人，生产化学原料药2129吨，化学药制剂941吨，中成药3吨，实现产值3800万元，销售收入3496万元，利税109万元。1995年，余西健丰胶囊厂投资300万元，开发药用胶囊试产成功，获国家医药总局颁发的生产许可证。1995年，全市生产化学原料药2304吨，实现产值3694万元。1996年11月，南通第三制药厂投入60万元，对老设备进行技术改造，开发生产盐酸氯丙嗪。1998年，通州资亚医用材料有限公司通过ISO 9002质量体系认证，成为全市第一家通过医用材料认证的私营企业，生产的各种规格医用脱脂纱布和小敷料远销欧洲、非洲、南美洲和美国、加拿大等20多个国家和地区，年出口额600多万美元。2000年，全市国有和年销售500万元以上非国有医药制造企业生产化学原料药2473吨，实现产值1.14亿元，销售收入6531万元。

至2008年末，全市有规模以上医药制造企业5个，其中亿元企业3个，分布在二甲、平潮、平东、东社镇和通州经济开发区，平均从业人数305人，当年实现产值9.01亿元，销售收入8.95亿元，利税9400万元。