1992年，县内有磷肥、复混肥企业9个，平均从业人数517人，年产磷肥1.78万吨、复混肥2.66万吨、合成氨1.22万吨、氮肥4.92万吨。1993年，化肥生产有所减少，生产合成氨6100吨，氮肥4400吨，磷肥2600吨，合成复合肥1.66万吨。1994年，南通化肥厂受诸多因素影响，亏损600多万元，生产经营陷入困境。是年，市磷肥厂与农业部门联合研制开发的优化配方施肥——测配产供施成套技术，获省农业技术推广三等奖。1995年，通州市东海磷肥厂改制为股份合作制企业，日产磷肥100多吨。是年，全市生产合成氨1.2万吨，氮肥8552吨，磷肥2519吨。1996年，通州市专用肥料厂生产的“五越”牌测土配方专用肥获省农业技术推广三等奖。是年，该厂实现产值1300万元，利税15万元。2003年12月，由江苏紫鑫工程设备安装有限公司与南通化肥厂合资建办的三聚氰胺生产项目在南通化肥厂奠基，占地1.2公顷，总投资4800万元。

至2008年末，全市有规模以上化肥企业4个，主要分布在石港、骑岸等镇，平均从业人数453人，当年实现产值2.21亿元，销售收入2.21亿元，利税1500万元。