1993年，全市有化学和医药工业企业222个，平均从业人数1.29万人，实现产值5.18亿元，销售收入3.91亿元。1999年，南通腻子涂料厂生产的珐琅漆，专用于汽车、机床、电控箱柜、金属及非金属面喷涂，产品填补省内空白，畅销马鞍山、盐城、扬州、南京等城市。2000年，全市国有和年销售500万元以上化学原料及化学制品制造、医药制造企业实现产值10.91亿元，销售收入7.62亿元。2002年10月，南通同源环保科技有限公司与浙江大学合作创办瑞普埃尔化学工程有限公司，开发研制的氟里昂替代品F141B投产。2005年10月，由香港添耀实业有限公司董事长苏永乐出资，总投资2999万美元，注册资本2000万美元的天耀莎利（通州）环保制品有限公司在通州经济开发区奠基。项目以次小木、竹材、农副产品纤维为原辅料，生产销售环保食品餐盒。

至2008年末，全市有规模以上化学、医药工业企业105个，其中亿元企业21个，分布在金沙、四安、兴仁、张芝山、平潮、平东、骑岸、东社、石港、二甲、西亭、川姜、五甲、三余、兴东、刘桥、五接、先锋等镇和通州经济开发区，平均从业人数7830人，当年实现产值71.55亿元，销售收入71.26亿元，利税5.98亿元。