1993年，全市有专用设备制造企业58个，平均从业人数7097人，实现产值2.66亿元，销售收入2.43亿元，利税0.23亿元。此后几年，由于产品没有及时升级换代，专用设备制造业发展缓慢。2000年，全市国有和年销售500万元以上非国有专用设备制造企业实现产值3.56亿元，销售收入2.71亿元。2004年9月，在通州港区通洋工业区由香港正鼎实业集团有限公司投资600万美元，注册资本300万美元，建办鼎泰农药包装机械（南通）有限公司。

至2008年末，全市有规模以上专用设备制造企业26个，其中亿元企业3个，分布在川姜、石港、金沙、平潮、三余、十总、刘桥、兴东、东社、兴仁、五接、骑岸等镇和通州经济开发区，平均从业人数1957人，当年实现产值16.97亿元，销售收入16.86亿元，利税1.42亿元。

1992年，县内有农业机械制造企业2个，平均从业人数704人，年产联合收割机828台、脱粒机和割晒机713台。1993年，由于产品结构不能适应市场需求变化，产销萎缩，仅生产联合收割机189台，机动脱粒机52台，种植机械499台。此后，通过加强市场调查，开发新产品，推动生产发展。1996年，生产机动脱粒机3635台，收获机械1015台，种植机械2640台。1997年12月，南通油泵油嘴总厂生产的“长江”-1.8型自走式全喂入稻麦联合收割机通过省级鉴定投产，填补省内空白。1999年9月，“五山”牌农机获“99中国国际农业博览会名牌产品”称号。2000年，全市生产收获机械2875台。2005年1月，南通农业机械总厂（南通五丰农业机械有限公司）由于经营不善，资不抵债，宣告破产，整体资产以1110万元价格拍卖。至2008年，全市无规模以上农业机械制造企业。

1992年，县内有纺织机械和纺织器材制造企业15个，平均从业人数1832人，年产纺织机械7502台、纺织器材229吨。1995年3月，通州市第二纺织机械厂研制的自动对折折布机获国家专利。2000年4月，通州纺机厂研制开发的玻璃纤维验布卷机，价格仅为进口同类产品的三分之一。同年，由西亭镇农民葛献民、赵志成研制成功用于地毯、壁毯装饰画面加工的刺毯机，可提高刺毯工效6～8倍。

至2008年末，全市有规模以上纺织机械制造企业5个，主要分布在金沙、东社、三余、川姜、平潮等镇，平均从业人数305人，当年实现产值1.17亿元，销售收入1.15亿元，利税800万元。

1993年，全市有产值300万元以上医疗器械制造企业3个，实现产值1891万元，利润68万元。南通医疗器械厂生产的3001型侧面操纵式综合手术台被国家医药管理局评定为优质产品，3008型头部操纵式综合手术台获省优质产品称号，电动手术台和坐卧分娩台获省优秀新产品“金牛奖”。2000年11月，南通医疗器械厂在四省一市（四川、江西、贵州、安徽省和重庆市）卫生厅医疗器械供应站采购招标中成功中标，当年实现产值1010万元，利税128万元。2001年7月，该厂通过ISO 9001∶2000质量体系认证，年产各种设备3000台（套），主销国内，外销东南亚和中东地区。

至2008年末，全市有规模以上医疗器械制造企业5个，其中亿元企业1个，主要分布在金沙、三余、川姜、石港等镇，平均从业人数611人，当年实现产值5.89亿元，销售收入5.86亿元，利税5300万元。