1992年，县内有棉纺织工业企业121个，平均从业人数2.88万人，总产值8亿元。1996年，江苏通盟色织集团股份有限公司开拓日本、美国、中东等地国际市场，自营出口2001万美元，成为江苏省自营出口生产企业第六强；1997年，该公司被评为全国纺织行业质量效益型企业，生产的“飞翼”牌色织泡泡纱获省名牌产品称号。1998年，按照省提出的压锭要求，全市有3家棉纺织企业列入压锭范围。当年5月，通州纺织厂首批落后纱锭敲锭回炉，共压锭2.32万枚，分流人员1081人。之后，通过进一步调整优化产业结构，提高产品质量和经济效益，规模企业不断增加。1999年，江苏八一集团开发的色织梦思绉被国家经贸委列为重点开发产品，实现产值2.25亿元，利税841万元。1999年10月，由南通进出口商品检验检疫公司、南通东帝色织有限公司、日本FANI国际株式会社共同出资63万美元，由日商控股组建的南通天山纺织品检整有限公司投产，公司采用国内外先进技术和先进设备，为服饰、纺织行业提供质量检测、技术指导、配套服务。是年，通州纺织厂通过ISO 9001质量体系认证，该厂运用阳离子纤维等新型原料开发阳离子中长纱、有光系列纱、色纺纱、扁平纱和贡丝锦、色织绒布、长丝织物等30多只新产品。

至2008年末，全市有规模以上棉纺织企业292个，其中亿元企业49个，平均从业人数2.65万人，当年实现产值166.71亿元，销售收入166.14亿元，利税16.48亿元。

1992年，县内有毛纺织企业20个，平均从业人数7985人，产值2.64亿元。1997年，江苏志新集团年产4000吨绒线、2000吨纺丝棉，95%的产品外销，实现销售收入1亿元，创汇982万元，利润257万元，列江苏省最佳效益乡镇企业第94位，全国最佳效益乡镇企业第318位，升格为全国乡镇企业集团。

至2008年末，全市有规模以上毛纺织企业5个，其中亿元企业2个，分布在川姜、先锋、刘桥、三余、石港等镇，平均从业人数1233人，当年实现产值5.67亿元，销售收入5.65亿元，利税5452万元。

1992年，县内有麻纺织企业5个，平均从业人数1263人，主要产品为各种麻袋、编织袋，产值1700万元。1993年，全市生产麻袋542.84万条。1999年，南通市第十二棉纺织厂调整产品结构，开发生产混纺交织亚麻粘布、亚麻粘涤混纺交织三合一布、麻系列竹节布、麻系列弹力布等近百个产品，形成颇具特色的产品系列，生产各类麻纱1300吨，麻布400万米。2001年，该厂先后投入800万元，实施MC一期、二期工程，麻预处理能力不断提高，成为南通地区最大的麻纱生产厂家。2002年，该厂与南京恒益麻业实业有限公司合作，利用国际先进脱胶技术生产分裂度较高的亚麻纤维，成功试纺L55C4532S、40S普梳及56S精梳纱，当年销售麻纺产品800万米，成为全国有名的麻制品重点厂家之一，并打入美国沃尔玛公司服装面料采购链。2006年，该厂通过实施整体产权对外转让，公有资产全部退出，1100多名职工置换身份进行分流，由改制后的新企业择优录用80%职工，重新组织生产。至2008年末，全市没有规模以上麻纺织企业。