1993年，全市有县属国有工业企业76个，职工2.23万人，固定资产原值4.01亿元，当年工业产值12.2亿元，占全市工业总产值的13.63%。通过推进产权制度改革，国有资本逐步退出，国有企业改为股份合作制或股份制，有些企业因经营不善而停产或破产。通州市黄酒厂为全市第一个进行股份制改制的国有工业企业，通州市建材化工总厂为第一家实施破产的国有工业企业。2005年末，南通盐场破产，国有资本从企业退出。至2008年末，全市尚有规模以上国有企业3个，当年工业产值2036万元。