1997年，市委、市政府按照社会经济管理职能和公有资产所有者职能分开的原则，探索公有资产管理和经营的合理形式和途径，对机械电子、纺织丝绸工业公司进行组建资产营运有限公司试点。

1998年，市政府出台《公有资产经营管理实施意见》，组建市公有资产管理委员会及办公室，对纺织丝绸、机械电子两个工业公司进行职能分解，将其行使出资人职能部分改组为资产营运有限公司，授权经营本行业的公有资产；对南通啤酒厂国有经营性净资产直接授权经营。为规范运作，强化责任，确保公有资产保值增值，市委、市政府批转市公资委关于通州市公有资产授权经营企业（公司）董事会和监事会成员、总经理、总会计师、党组织负责人、工会干部以及经营者年薪和公有资产收益管理、公有资产保值增值考核办法等9个暂行规定，使之逐步走上制度化、规范化、法制化的轨道。

1999年，市组建市属工业企业公有资产管理办公室，专司机电冶金、纺织丝绸两家资产营运有限公司和直接授权资产经营的南通啤酒厂以及南通化肥厂公有资产的日常管理监督工作。按不同行业、企业资产经营状况，分别制订公有净资产综合考核指标体系，组织签订公有资产经营责任书，明确经营者的权利、责任和义务以及年度考核评价方法，依据具体履行责任书情况计付年薪收入，实施奖惩。与此相配套，建立和经营效益挂钩的风险抵押金制度，实行外派财务总监制度，加大监控力度，落实公有资产营运责任。同时积极推动资产营运公司按资产经营要求，转换职能，多形式、全方位开展资本营运，确保公有资产的安全与增值。

2000年，进一步明确公有资产所有者对所投资企业的重大决策、资产收益和选择管理者三项主要职能。按照授权经营要求，重点对机电冶金、纺织丝绸两家资产营运有限公司进行新一轮功能定位，推动其职能转换；建立完善经营者资产经营年度考核责任指标体系和办法，实行年薪制，落实经营责任；加强各项基础性建设，强化日常监督，维护所有者权益，确保公有资产保值增值。2008年，全市市属工商企业改制剥离的非经营性公有资产以及未改制企业的公有资产，统一由市企业公有资产管理办公室实施监督管理。