1993年初，市委、市政府将推行股份制工作列为企业体制改革的重点，先后出台《企业股份合作制试行办法》《关于在个体工商户、私营企业中发展股份经济的若干意见》《关于加强股份合作制企业规范化建设的若干意见》等一系列指导性文件，在全市大力推行股份合作制。至年末，全市完成股份合作制改革的企业1036个，组建有限责任公司47个，共募集个人股金1.15亿元。改革的主要形式是通过吸纳少量内部职工股金，以增量的方式，将企业的财产组织形式调整为股份合作制或公司制，改革后的企业，仍为国有、集体性质，职工的股本金大多表现为“集资款”形态。

1995年，市委、市政府组建市企业改革工作领导小组，统一组织领导全市公有企业的产权制度改革，出台《通州市中小型企业“先出售后改制”试行意见》等一系列指导文件和配套实施办法。是年11月，全市61个中小企业进行“先售后股”试点。市委、市政府从市有关部门抽调人员组成工作组分别进驻企业，指导企业有组织、有计划实施产权制度改革。通州黄酒厂于1996年3月在全市率先完成改制工作。随后其他试点企业的改制工作也快速推进，相继完成。企业产权制度改革主要采取两种形式：对净资产500万元以下、面广量大的中小企业采用“先售后股”的形式，整体出售企业生产经营性净资产，动员企业职工出资认购，使企业的产权组织形式改成以“资本与劳动合作”为特征的股份合作制；对净资产500万元以上的大企业，采用增量扩股的形式，通过吸纳社会法人股、内部职工入股等途径，增大企业的注册资本，调整单一的产权结构，放大公有资本的控制力、影响力，改成公司制企业。同时，对资产规模小、经济状况差、一时难以进行产权改革的企业，适当采用租赁、承包等形式，放开搞活。至1996年末，全市共有1426个企业改制，其中实行“先售后股”的1002个，“增量扩股”的139个，实行企业兼并64个，出售（含拍卖）188个，分立重组26个，售、租、股结合7个；改制后组建39个企业集团；共出售净资产2.69亿元，募集股本金12.51亿元。对部分中外合资企业的中方公有股本部分也相应进行置换。

1997年初，市委、市政府把继续调整完善企业所有制结构作为改革的主攻方向，倡导股权集中，由经营层、主体经营者控持大股经营。选择二甲、三余、西亭、石港、姜灶5个镇和市机械电子工业公司所属工业企业进行所有制结构调整试点，改革单一投资主体企业的所有制结构，发展混合所有制经济；完善股份合作制企业的股权结构，建立股权流转机制，鼓励职工股权向企业经营者、技术和营销骨干流转；对小微亏企业通过收购、兼并、破产、拍卖等途径，盘活存量闲置、低效资产，向高效益领域转移；大力发展非公有制经济，鼓励中小企业转制为私营。至年末，5个试点镇有111个企业进行所有制结构调整，占规划调整数的90.2%。其中，经营层控股或持大股经营的企业34个，转为私营企业77个。至1998年6月底，全市1236个工业企业所有制结构调整基本结束，所有制形式由单纯的国有或集体所有变成股份制、股份合作制、集团制、合伙制以及私营、中外合资合作等多种形式，形成以公有制为主体、多种经济成分并存的新格局。

2001年，改革重点对已进行增量扩股改制的公有控参股大企业，从建立现代企业制度出发，将公有资产退出，实现民营化。当年共有114个工业企业完成公有资产整体退出，按照“一企一策”的方法，大多改为经营层持股和主体经营者控股。

2002年起，针对尚存的一些经营状况恶化、扭亏无望、改革“老大难”的企业，集中力量进行改革攻坚。按照重点突破、整体推进的原则，着重抓好4个国有企业的产权制度改革。南通第三制药厂率先在全市实行资产重组，对在职职工依法解除劳动关系，职工股权依法进行转让，实现平稳走人。江苏春晓集团实行破产重组，涉及职工2300多人，企业规模大，历史遗留问题多，按照“申请破产、筹资走人、解除抵押、资产变现、重组新生”的程序，用1个月的时间对1348名职工分流完毕，一次性分流率99.8%。破产资产及国有土地使用权面向社会公开拍卖，由厦门国贸集团股份有限公司收购重组江苏宝达纺织有限公司投入生产。通州棉纺织厂是全市当年最大的破产重组企业，按照“宣布破产、租赁经营、设备出售、异地建厂、土地变现”的步骤，7月31日企业依法进入破产程序，仅用11天时间就依法解除1300多名在职职工的劳动合同关系；企业的机械设备通过公开拍卖，以2060万元整体转让给南通富豪酒业有限公司，并将厂房、土地等租赁给新设立的富豪纺织服饰有限公司。南通化肥厂引进民资参与国企改造，由江苏紫鑫安装设备公司整体收购，并投资5000万元，与企业原有生产设施配套，开发生产三聚氰胺产品，于2004年7月竣工投产。

2005年，产权制度改革进入扫尾阶段，南通盐场、南通金麒机械有限公司等企业实施破产；南通棉织十二厂等企业产权整体对外转让，公有资产全部退出；南通印刷总厂、南通富豪酒业有限公司等企业实施职工身份置换。至2008年末，金沙轧花厂、通州纺机厂等企业完成破产清算，职工解除劳动合同，置换身份，公有资产回收规范处置。至此，全市工业企业产权制度改革扫尾工作基本结束。