2007年11月，根据国家、省和南通市全国第一次污染源普查工作方案，通州市成立农业污染源普查领导组，设立办公室，按照普查要求分别建立种植、畜牧、渔业技术组。至2008年7月31日全面完成第一次农业污染源普查。全市共调查种植业源2377个、畜牧业源1238个、渔业源607个。此次农业污染源普查，基本摸清全市农业污染源，为实施环境保护、防治源污染、推进生态农业建设提供了基础数据和决策依据。

2003年，通州市被列为省级无公害农产品产地、水产品产地认定整体推进示范县（市）。当年，进鲜港水芹生产经营专业合作社生产的水芹菜、南通双和食品有限公司生产的肉鸡等8个产品被认定为国家级无公害农产品。2004年，东社镇香台特种蔬菜专业合作社生产的“香台”牌香芋、江苏嘉安食品有限公司生产的“嘉安”牌荷兰豆、青花菜、白花菜、油菜苔，通州市银珠米业有限公司生产的“苏霞”大米等34个产品被认定为国家级无公害农产品。2005年，南通东明乳业有限公司生产的“为明”牌牛奶、南通市欣德食品有限公司生产的“欣德”牌冬瓜、大葱、青蚕豆，十总农副产品营销有限公司生产的“新茵”青毛豆等18个产品被认定为国家级无公害农产品。2006年，南通海景农业科技发展有限公司生产的“景瑞”牌蚕豆、刀豆、毛豆、扁豆、大白菜、黄花苜蓿、番茄、茄子、青椒、黄瓜、青菜、大蒜、蒜头、蒜苗、胡萝卜、玉米、山药、马铃薯等18个产品，获中国绿色食品发展中心颁发的绿色食品证书。至2009年6月底，共组织申报有机食品18个，绿色食品20个，无公害农产品79个；无公害农产品生产基地78处、面积76.2万亩。

2002年5月31日，市农林局在市第一农贸市场设立的蔬菜药残检测室，抽测8个摊位20个蔬菜样品，抽测结果15个合格，5个样品药残超标，此举受到市民的极大关注。当年7月，建立市农产品质量检验测试中心，制定无公害水芹菜生产技术规程、无公害乳鸽生产技术规程、无公害稻谷生产技术规程、无公害稻米加工技术规程、无公害肉鸡加工技术规程等5个无公害农产品生产技术规程标准，并通过南通市技术监督局评审登记。10月，对文峰千家惠、通州广场、星源农贸市场、市粮油交易批发市场实行猪肉、蔬菜、大米市场准入。12月，发布通州市第一份蔬菜残留农药检测分析报告——《通州市城区秋冬季蔬菜药残检测与分析》。至2002年末，共检测上市蔬菜45个品种160个样品，合格率96.88%。同年，二甲、海晏、骑岸、石港、平潮、张芝山、川港、先锋、姜灶9个镇购买了蔬菜农药残留速测仪，建立速测站。

2003年起，对两个重点蔬菜生产基地和城区主要农贸市场叶菜类蔬菜进行例行监测。每月各抽样检测100个样品，检测合格率均在90%以上。先后制定双低油菜、莴苣、茎用芥菜、青椒、香芋、荷仁豆、青刀豆、芦笋等8个无公害农产品生产技术规程和产品加工企业标准，制定无公害稻米和稻田养殖中华绒螯蟹、水芹深水栽培、泥蚶高涂蓄水养殖和泥蚶产品加工标准等5个无公害农产品生产技术地方标准，均通过南通市技术监督局评审登记。全市共建成15个标准化示范区，其中国家级蚕桑综合标准化、双低油菜标准化示范区2个，南通市级（石港稻田养殖标准化、金沙镇无公害水芹菜标准化、海晏镇高涂蓄水养殖）标准化示范区3个，通州市级标准化示范区10个。

2004年，购置CL-1、CNY-158B检测仪9台，KH-1型检测仪24台，组织蔬菜农药残留检测技术培训60人次。制定无公害食品水芹浅水生产技术规程，无公害食品大雪枣生产技术规程等6个无公害农产品生产技术规程的南通市地方标准。全市有35个农贸市场实行农产品质量安全市场准入制度，划定无公害蔬菜销售区面积1.4万平方米。

2008年4月，通州市农产品质量检测中心通过省级资质认定评审，获省质量技术监督局实验室资质认定证书，检测范围涵盖农产品、农业环境和农业投入品3大类21个产品45项参数。当年12月，通州市被省发改委列为农产品质量检测重点县（市）。