2001年，市农林局共核发“种子经营许可证”“江苏省野生动物经营利用许可证”“野生动物驯养繁殖许可证”“兽药经营许可证”“农药经营许可证”共724份。2001年底《中华人民共和国农药管理条例》修改颁布后，取消了农药经营许可制度，改为核发农药经营合格证，2002年共发放农药经营合格证925份，以后每年对该证进行年检。

2003年，对40多个委托经营种子的单位（户）进行备案登记和20个种子经营改制企业进行资格审定，并对农药经营单位进行资格审核。

2006年1月，市政府决定，涉及全市投资类行政许可、审批项目，一律纳入市行政审批中心，当年行政审批农业类事项共727件，2007年为836件。

2008年末，为简化行政审批事项，取消农药经营合格证审批，并将水产养殖、生猪检疫审批事项下放到镇政府管理。

2009年初，对涉农行政许可、审批初审事项重新梳理，确定33项行政许可事项。同时对已办理项目制订网上公开运行流程图。至当年6月底，共办理涉农行政审批事项62件。

2007年，通州市被省农林厅确定为“放心农资下乡”进村试点县（市）。当年，通州市审定通联农资有限公司、江苏省和盛农资连锁有限公司、宝成农业技术开展有限公司3个农资批发龙头企业，建立放心农资下乡进村渠道连锁经营店695个，占全市852个农资经营店的81.6%，农资配送率达80%以上，形成遍布全市20个镇和399个村（居）的放心农资零售服务体系。2008年3月，市农林局组织2个考评小组，历时8天，对全市211个申请评审的农资店进行现场考核评审，确定179个农资店为放心农资店。当年，全市放心农资下乡进村实现全覆盖，连锁经营率、农资配送率、优质品牌农资推广率均在80%以上。

2003年1月，省农林厅颁布《江苏省农作物生产事故技术鉴定实施办法》，市农林局即开始受理农作物生产事故的技术鉴定。至2008年末，共受理农作物生产事故技术鉴定17件。2007年，五接镇1900多亩水稻，由于在扬花期使用农药毒死蜱发生药害。市农林局组织南通市及通州市植保站的专家进行踏田技术鉴定，作出了毒死蜱药害的结论，并提出后期田间管理技术要求和事故处理建议。经多方交涉，由生产产家补偿损失9.8万元。2008年，部分地方在使用复合肥后造成油菜栽植不能成活和生长不良的事故，涉及面积6万多亩，受害严重田块1.2万多亩。市农林局成立事故处理小组，经技术鉴定，主要原因是复合肥中含有三氯乙醛等有害物质。通过多次协商，由三家复合肥生产商共赔偿受害农户损失600多万元。

1999年7月，市编委批准市农业局农业科增挂法制科和农业行政执法大队牌子。2006年4月，成立市农林执法大队，履行执法职能，核定编制10人，属行政管理型事业单位。2009年初，通州市农林执法大队通过省农林厅规范化建设验收。

2000年—2009年6月，市农林执法大队共出动执法人员5500余人次，检查各类农资经营点4500多家，抽检肥料样品123批次，农药产品20批次，查处制售假冒伪劣农资违法违规案件160起，依法罚没款34万余元。2008年，根据农业部等四部委第632号公告和农业部办公厅《关于对非法制售甲胺磷进行调查核实和加强监管的函》，开展专项整治活动。市农林执法大队共查获甲胺磷717公斤，“1605”35公斤，全部送交南通市清源工业固废综合处置厂进行销毁。