通州市海洋渔业总公司（和通州市海洋渔港管理委员会两块牌子、一套班子），为乡镇级建置，下设海东村和第一分公司、第二分公司、海洋渔机服务管理站、海洋多种经营服务站、海洋企业管理服务站、水产冷冻厂、船网厂、海洋水产养殖场、鳗鱼养殖场、紫菜养殖场、特种水产苗种繁育场等。1994年，实行渔业产权制度改革，建立以船头为独立法人的股份制企业16家。1996年起，公司先后建立鹏鸣特种水产育苗场、南通兴港特种水产育苗场、南通莱亚水产有限公司等特种水产苗种生产企业，主要繁殖鱼虾蟹贝苗等。2001年12月，撤销海洋渔港管理委员会，成立新的海洋渔业总公司，为自收自支的全民事业单位，实行企业化管理。原海洋渔港管委会所属的海东村和海洋小学以及有关服务管理单位划入海晏镇管辖，海晏镇的堤外滩涂划归海洋渔业总公司管理。2003年，荷兰麦肯谢发展公司投资50万美元，建成中外合资南通莱亚水产有限公司，并相继被认定为南通市星火龙头企业、南通市产学研示范企业、南通市级贝类（青蛤、菲律宾蛤仔）良种生产基地、上海水产大学产学研基地。2001年12月至2004年10月，市海洋渔业总公司共投入340多万元，进行海洋生产基础设施建设，修建4000平方米渔货集散场地，修筑新中闸至海防公路、总公司至团结闸两条黑色道路，改造团结闸至新中闸沿海堤输电线路，进行纳潮河道疏浚及沿海工业园桥梁建设。2004年11月，市政府决定，市海洋渔业总公司转为企业，划归市海洋与渔业局管辖。至2008年年末，总公司拥有机动渔船16艘、1500总吨、2940千瓦，其中147～440千瓦12艘、45～146千瓦4艘。

市水产养殖场属企业化管理的自收自支全民事业单位，是青、草、鲢、鳙四大家鱼鱼苗人工繁殖和成鱼及特种水产品养殖生产基地。1993年起，鱼种培育、成鱼养殖均实行自负盈亏的生产承包责任制，承包渔工交纳水面使用费和自己的社会养老保险金。鱼苗繁殖则采取专业小组承包责任制，对组内工人按月发放生活费，年终根据盈利结算分配。1997—2008年，每年繁殖和出售青、草、鲢、鳙、鲂、鲫等鱼苗0.8亿～4.5亿尾，其中青鱼苗160万～950万尾、草鱼苗2000万～1.1亿尾、鲢鱼苗4000万～2.3亿尾、鳙鱼苗800万～4500万尾、鲂鱼苗400万～2250万尾、异育银鲫苗600万～3600万尾；培育和出售四大家鱼种30～60吨，出售成鱼60～90吨。

2008年，场内共有鱼池面积340亩，其中亲鱼池60亩，鱼种池120亩，成鱼池85亩，鳜鱼池75亩。人口122人，其中职工30人，水产工程师1人，助理工程师2人，技术员16人。固定资产总值197万元，流动资金80万元。人工繁殖和出售鱼苗4.5亿尾，培育和出售鱼种40吨，生产成鱼90吨，创产值193万元。

1993—1996年，市内共有集体经营的淡水水产养殖场56个，其中属乡镇办32个，村办24个，共有养殖水面3117亩，主要从事鱼种培育和成鱼养殖。有集体经营的海水养殖场５个，养殖水面2.2万亩，进行海产品养殖。1997年以后，乡镇办、村办水产养殖场普遍进行经营体制改革，至2008年，除石南、石港、五窑、英雄、南兴以及金沙城东等水产养殖场仍以场为单位，实行内部职工承包生产外，其余的水产养殖场均实行个人承包，具备独立的法人资格。