内河捕捞  1993年后，内河水体污染日趋严重，且捕捞强度不断加大，鲫、鳊、鳗、虾、蟹等资源逐渐减少，渔获物主要为克氏原螯虾、黄鳝、螺、蚬等。内河捕捞作业主要是以家庭为单位的个体捕捞户，捕捞的渔具渔法有袋子网、丝网、钓笼、地笼和手工耥螺、蚬以及其机械吸螺、蚬等。1993年捕捞产量2666吨。2008年，内河捕捞产量6718吨，保有内河小型机动渔船142艘、280总吨、974千瓦。

长江捕捞  1993年后，捕捞范围在南兴、五接（包括李港）等乡镇的沿江水域。2001年4月行政区划调整后，营船港以东长江水域管辖权划归南通市区，捕捞限于五接镇开沙岛一带水域。渔获物中，刀鲚、凤鲚、银鱼、河豚、鮠鱼、鲈鱼、鳗鱼、河蟹等名优鱼类越来越少，而以餐条、麦穗、鳑鲏等小杂鱼为主。刀鲚产量最高为1996年的67吨，2000年以后下降为每年1～5吨。2008年，长江捕捞产量512吨，保有长江捕捞机动渔船181艘、1472总吨、2511千瓦。

海洋捕捞  1993年，共有海洋捕捞渔船523艘，其中147～440千瓦（200～599马力）的钢质渔轮只有4艘，大部分是44千瓦（60马力）以下的小型机动渔船，以捕捞鳗鱼苗为主，当年捕捞产量2845吨。1994年，海洋捕捞生产经营体制全部实行股份合作制，以船头为独立法人单位。1996年，共有海洋捕捞渔船371艘，其中147～440千瓦的钢质渔轮增至14艘，45～146千瓦（61~199马力）的钢质渔轮15艘，当年捕捞产量4558吨。此后，捕捞生产能力进一步提高，但不少渔轮从事外海捕捞生产，渔获产品多由境外收购，1999年市内收购的捕捞产量下降为3317吨。

2008年，全市海洋捕捞产量4070吨，保有海洋捕捞机动渔船102艘，养殖渔船13艘，2106总吨，5193千瓦。

黄海水域  1995年开始，农业部确定在东黄海实施伏季休渔制度，拖网和帆张网休渔时间为7月31日零时至8月31日零时；1998年调整为6月16日零时至9月15日24时；2000年调整为6月16日12时至9月16日12时。2003年起，将桁杆拖虾列入休渔作业类型，休渔时间为6月16日12时至7月16日12时。2005年，将定置作业渔船休渔时间统一调整为6月16日至8月31日。2009年，将除单层刺网和钓具外所有作业列入休渔作业类型，休渔时间调整为6月1日12时至9月16日12时。

长江水域  2002年开始，农业部确定每年4月1日12时至6月30日12时，实施长江春季禁渔制度。

根据农业部关于安排沿海捕捞渔民转产转业工作的要求，从2002年起，开展报废渔船拆解和“双转”渔民海淡水养殖技术培训工作，当年报废拆解渔船12艘，发放渔船转产、转业补助资金8.64万元。2003—2008年，陆续报废拆解渔船124艘，发放渔船转产、转业补助资金192.86万元，培训“双转”渔民362人。同时实施省财政厅、省海洋与渔业局下达的“通州市高涂蓄水虾蟹贝高效养殖及标准化生产”“水虾蟹贝混养”“虾蟹综合养殖”“缢蛏高效集约化养殖与产业化开发”等海洋捕捞转产转业项目，共获得项目扶持资金65万元，吸纳转产、转业渔民99人。