家鱼繁殖  1993—2008年，青、草、鲢、鳙、鲤、鲫、鲂等家鱼人工繁殖，仍在市水产养殖场进行，每年繁殖鱼苗0.8亿~4.5亿尾，年均1.96亿尾。2008年，繁殖鱼苗4.5亿尾，其中鲢鱼占50%，草鱼占25%，鳙鱼占10%，异育银鲫占8%，鲂鱼占5%，青鱼占2%。2000年起，进行家鱼品种改良更新，先后从扬州市邗江良种场等国家级原种场引进亲鱼1200组，其中鲢鱼760组，鳙鱼220组，草鱼140组，青鱼80组。

鱼种培育  1993年，青、草、鲢、鳙四大家鱼鱼种池养殖面积2100亩，年培育鱼种2300万尾，其中个体鱼种池占20%，年培育鱼种占17.5%。1997年，鱼种池面积突破3000亩。2004年起，鱼种池均由个体户承包生产经营。2008年，鱼种池养殖面积3700亩，年培育鱼种4820万尾。

成鱼养殖  市内多数河沟水面狭浅，分布不均，且因滨江临海，受引排影响，水位变化较大，发展河沟养鱼受到一定限制。1993年，河沟放养2.89万亩，产鱼1705吨，平均亩产59公斤。2001年完善水面联产承包责任制后，产量逐步提高。2008年，河沟放养达3.71万亩，产鱼3042吨，平均亩产82公斤。

1993年，为发展成鱼模式化养殖，由市水产指导站牵头，选择11个水产养殖场、2550亩精养成鱼池，组织实施农业部“池塘模式化养殖增产技术”项目（省水产局为第一承担单位，通州市为成员单位），1993—1994年，平均亩产成鱼712公斤，亩产值3727元，亩利润1438元，比1992年分别增长75.8%、91.9%和116%，新增利税194.55万元，获全国农牧渔业丰收一等奖。

1994年，由市水产指导站牵头，选择13个水产养殖场、2880亩精养成鱼池，组织实施江苏省“池塘高产高效模式化综合养殖技术”项目（省水产局为第一承担单位，通州市为成员单位），1994—1995年平均亩产成鱼669公斤，亩产值3680元，亩利润1426元，比1993年分别增长65.7%、89.2%和114%，新增利税218.9万元，1996年获江苏省政府首届农业科技推广二等奖。

河蟹育苗  1995年，市水产指导站利用1000立方米水体试验河蟹人工育苗，因未掌握技术要领，仅产蟹苗20公斤。1996年后，经不断探索，育苗技术逐步成熟，投产面积逐步增加。1998年，利用世界银行贷款24万美元，投资建成通州市新中海水育苗场，有育苗水体3600立方米，当年繁育蟹苗200多公斤，取得较好收益。1999—2003年，河蟹工厂化育苗达到高峰。2003年，有6家育苗场，共有育苗水体2万立方米，年产蟹苗3000公斤以上，基本满足市内养殖需要。2001年起，为提高蟹苗质量，又拓展人工土池育苗。2008年，全市土池育苗950亩，产蟹苗4500多公斤。

扣蟹培育  蟹苗（每公斤14万～16万只的大眼幼体）经过120～150天饲养，培育成每公斤100～200只性腺未成熟的幼蟹，一般只有钮扣大小，俗称扣蟹。1994—1995年，市水产指导站、石港区多种经营指导站实施“培育蟹种控制性早熟技术研究”项目，针对培育蟹种出现一龄蟹种性早熟问题，采用提高苗种放养密度、控制水温、降低饵料中蛋白质含量等方法，将一冬龄蟹性早熟控制在0.8%以下，比对照组平均下降37.1个百分点；累计实施面积905亩，净增利润1191.5万元。2008年，扣蟹培育面积发展到1.8万多亩，平均亩产量由几十公斤增加到100多公斤。全市年产扣蟹5000公斤以上的养殖大户超过80户，年销售扣蟹1万公斤以上的营销经纪人有50多人，最多的年销售5万公斤以上。三余、海晏、北兴桥、十总、石港等镇已成为扣蟹培育主产区，育成的扣蟹销往安徽、湖北、湖南、浙江等省和省内的常州、苏州、昆山、张家港、溧阳、洪泽湖等地。

河蟹养殖  1993年，河蟹养殖一般以暂养育肥为主，当年9—10月从湖泊大水面地区收购暂养，至春节前后出售。随着河蟹育苗产量逐年上升，河蟹养殖得到较快发展，养殖形式逐步由暂养型转变为养成型。1996年，河蟹养殖面积1.5万亩，产量2201吨，比1992年分别增长20.84倍和23.73倍。2003年12月，石港、四安、刘桥等13个镇申报通过省无公害蟹类产地和“新江海河”牌中华绒螯蟹产品认定和认证，规模4.2万亩。2008年，全市河蟹养殖面积4.42万亩，产量7830吨，河蟹养殖已成为淡水养殖的主导产业。

成鳖养殖  1993年前后，鳖的养殖形式以暂养成鳖为主，一些养殖户专门收购商品鳖暂养，有的用作亲鳖繁殖，有的待春节前后高价出售。1996年以后，以幼鳖养成成鳖为主。2008年，成鳖养殖面积390亩，产量53吨。

青虾养殖  1995年，青虾养殖面积1601亩，产量62吨。此后养殖面积逐年增加，至2008年，养殖面积达7963亩，产量340吨，分别比1995年增长3.97倍和4.48倍。养殖形式主要有虾蟹混养、鱼虾蟹混养等。

牛蛙养殖  1993年3月，袁灶乡秦坝村二组一农户引进牛蛙养殖。1997年全市牛蛙养殖面积21亩，产量4.96吨。2000年养殖168亩，产量47.65吨。此后逐年减少，2008年全市养殖面积只有40亩，产量7吨。

南美白对虾养殖  2001年5月，赵甸乡朱季港村和石港镇戴湾村一些农户，从省海洋水产养殖中心首次引进48万尾南美白对虾苗进行养殖，当年收获商品虾4800多公斤。2008年，全市养殖面积960亩，产量142吨。

鳜鱼养殖  2001年6月，骑岸镇部分农户从吴江市东大湖首次引进规格为5～6厘米的鳜鱼苗1万多尾，采取“快速精养”模式获得成功。2002年在平东、2003—2005年在市邮政局开沙岛养殖基地、市水产养殖场等处推广，同时推广“蟹池套养鳜鱼”的养殖模式。2008年，全市鳜鱼养殖面积475亩，产量165吨。

鳗鱼养殖  1993—1995年，市海洋渔港委员会下属鳗鱼养殖场、海洋捕捞一、二公司和市水产公司东海水产站共有养鳗温室1万平方米，共养殖成鳗80多吨，其中60%出口、40%内销；养殖出售黑仔鳗2500万尾。1996年停止养殖。

克氏原螯虾养殖  克氏原螯虾（俗称“小龙虾”），2003年前主要靠天然捕捞应市。2004年，刘桥镇徐园村一农户引进克氏原螯虾养殖。2006年后，克氏原螯虾养殖得到较快发展。2008年，全市池塘养殖面积1520亩、稻田养殖面积1000亩，产量758吨，分布在刘桥、二甲、石港等镇。养殖形式主要有虾稻连作、池塘单养、鱼虾混养等。

1993—1994年，稻田生态养殖面积200亩，养殖模式有稻田培育扣蟹、稻田养殖成蟹、稻田养殖鱼虾蟹、稻田养鸭等。1995年起，推广力度加大，发展较快。1999年，养殖面积达到6.21万亩，经省水产局考核验收，通州市被列入江苏省稻田生态养殖示范县（市）。2004年，石港镇稻田生态养殖被列为国家级稻田生态养蟹标准化示范区，示范3年，每亩平均收获无公害稻谷500公斤、虾蟹60～75公斤，每亩比纯种水稻增收1800元左右，经济效益和生态效益显著。2007年11月11日，通过江苏省质量技术监督局组织的专家验收。2007年10月16日，中央电视台第七套节目中，对石港镇稻田生态养蟹国家级标准化示范区作了报道。至2008年，全市稻田生态养殖面积达到14.2万亩。

2000—2008年，东南亚、澳大利亚、新西兰及非洲等30多个国家和地区的9批300多名高级官员、专家先后到通州市参观学习稻田生态养殖。

江滩养殖主要在五接镇的开沙岛。1996年，市国税局先后投资1000万元，将开沙岛西南侧的500亩堤外滩涂筑堤围垦，开发300多亩养殖池塘，建成通州市江中特种水产养殖有限责任公司，主要养殖鱼、虾、蟹。2003年，公司养殖泥鳅150亩，亩产商品泥鳅2000公斤左右，全部出口韩国；2004年出口200吨，创产值440万元，获利润120万元；2005年出口300吨，创产值540万元，获利润110万元。公司注册“江中”牌和“扬子江”牌鱼、虾、蟹水产品商标，当年通过省无公害农产品产地和“江中”牌无公害泥鳅产品认定和认证。

2000年，五接镇养殖大户刘海桥投资20多万元，在里沙开发滩涂150亩，进行江滩低坝高网围栏鱼蟹混养。

2001年，南通江心洲水产养殖有限公司养殖大户许建民，在开沙岛东沙开发特种水产养殖，先后投资300多万元，挖塘围堤，建成标准精养池塘500多亩，养殖品种主要有河豚、斑点叉尾鮰、长吻鮠、黄颡鱼及四大家鱼等江鲜，2004年使用机械自动投饵，2006年12月通过省无公害淡水鱼类产地和“江心沙”牌无公害斑点叉尾鮰、长吻鮠、鳜、鲢、鳙产品认定和认证。2007年，实施省“江心洲水产养殖全程质量控制体系建设”项目，建立基地监测CCP程序。2008年，公司养殖面积1100亩，产量300吨，产值708.4万元。

滩涂养殖  1993年，二窎乡张银标、邱锦琪、毛善标等滩涂开发户，在腰沙及辐射沙洲养殖文蛤1000亩。1995年，十总镇滩涂开发群体在省管滩涂东沙承包养殖文蛤10万亩。到2008年，沙洲开发总面积达到18.4万亩。

1996年，江苏省启动“海上苏东”战略，市水产指导站申报的“泥蚶网围养殖示范区”项目被列为首批省海洋渔业开发项目，省财政下拨扶持经费30万元，建立泥蚶网围养殖示范区1000亩，养殖品种主要有泥蚶、青蛤、缢蛏。在示范区带动下，沿海共建立62个养殖场，有376个农户与市滩涂开发园区签订滩涂使用承包合同，发展网围移苗养殖1.2万亩。项目于1998年5月通过省级验收，平均亩产泥蚶376.4公斤，为滩涂投苗养殖作出示范。2002年12月申报通过省无公害贝类产地和“新江海河”牌无公害文蛤产品认定和认证。2003年12月申报通过“新中海”牌无公害泥蚶、青蛤、缢蛏产品认定和认证。2004年12月，近海滩涂建立7个滩涂贝类养殖联合体，市政府统一颁发“海域使用权证”，养殖面积达到1.39万亩。2005年起，市水产指导站先后在沿海滩涂实施“泥蚶种质资源保护与人工育苗技术研究”“菲律宾蛤仔苗种规模化繁育与高效养殖技术研究”“缢蛏苗种生态规模化繁育及高效集约化养殖技术研究”“青蛤滩涂高效健康养殖小区建设”等省市渔业项目，其中“泥蚶种质资源保护与人工育苗技术研究”“菲律宾蛤仔苗种规模化繁育与高效养殖技术研究”，2007年获南通市人民政府科技进步四等奖。

高涂蓄水养殖  在堤坝高度高于高潮位0.8～1.5米高涂进行蓄水养殖，生长快、敌害少、管理方便、产量高。2000年，市鹏鸣特种水产育苗场率先在团结闸南侧开发1000亩高涂蓄水池塘，与市水产指导站共同实施省水产三项更新工程——“锯缘青蟹人工育苗与池塘混养技术开发”项目，共产锯缘青蟹成蟹55吨，创产值220万元，获利润75万元。高涂蓄水池塘试养成功，吸引沿海渔民纷纷投资开发，到2003年共开发4000多亩。2004年下半年起，通过改造建设高涂蓄水池塘，开发多种养殖模式。选择市场畅销的脊尾白虾、刀额新对虾、三疣梭子蟹、锯缘青蟹、青蛤、缢蛏、菲律宾蛤仔等优质海产品种，进行虾蟹混养、虾蟹贝混养、鱼虾蟹贝藻混养。2005年，沿海高涂蓄水养殖推广应用面积达到8700亩，规模化、科技化、产业化格局初步形成。2005年后，市水产指导站先后在沿海新中闸至遥望港一带高涂实施“海水虾蟹贝混养技术研究与推广应用”“高涂蓄水高效综合养殖技术研究与推广应用”“高涂蓄水虾蟹健康养殖小区建设”等省市渔业项目，其中“海水虾蟹贝混养技术研究与推广应用”，2007年获南通市人民政府科技推广四等奖；“高涂蓄水高效综合养殖技术研究与推广应用”，2008年获南通市人民政府科技推广三等奖。因沿海滩涂围垦，至2009年6月底，高涂蓄水养殖面积减至5480亩。

海水育苗  1993—2005年，先后建立通州市鹏鸣特种水产育苗场、南通兴港特种水产育苗场、通州市新中海水产育苗场、南通莱亚水产有限公司等海水育苗单位，进行罗氏沼虾、河蟹、锯缘青蟹、泥蚶、杂色蛤、青蛤等虾、蟹、贝特种水产苗种繁育。

1999年，鹏鸣特种水产育苗场聘请浙江省海洋水产研究所科技人员，开展泥蚶工厂化人工育苗获得成功，当年繁育泥蚶苗200多公斤，获利100多万元，填补省内泥蚶人工育苗空白。2000年，又聘请中国水产科学院东海水产研究所科技人员，开展锯缘青蟹工厂化人工育苗获得成功，当年繁育Ⅱ期幼蟹500万只，填补省内锯缘青蟹人工育苗空白。

2004年，市新中海水育苗场聘请江苏省海洋水产研究所科技人员，开展杂色蛤工厂化人工育苗获得成功，当年繁育双水管稚贝10亿粒。

2005年，市水产指导站与中国水产科学研究院东海水产研究所合作，共同承担农业部农业结构调整专项“青蛤工厂化育苗及增养殖技术研究”，以通州市新中海水产育苗场为基地，当年人工诱导催产获得18亿粒青蛤受精卵，经工厂化人工育苗获得双水管稚贝5000万粒，建立大规格苗种培育面积60亩，共产大规格成贝31.88吨，平均亩产成贝531.28公斤。2009年1月，获国家海洋局科技创新二等奖、上海市科技进步二等奖。

2006年，市兴中海珍品养殖场、南通莱亚水产有限公司和市水产指导站共同建设省级菲律宾蛤仔繁育基地，人工繁育规格为280微米以上的稚贝11.56亿粒；建设300亩高涂大规格培育基地，产规格为每公斤400～800粒的大规格苗种93.15吨；建设万亩滩涂围拦养殖基地，产成品蛤3018吨。

1988年５月，建立南通县渔业生产资料服务部，开设鱼病门诊室，开方与供药。1998年，成立通州市水产养殖病害防治工作站，承担省水产病害防治体系建设项目，增设水质分析化验室，购置仪器、试剂等检测设备，培训技术人员，开展渔病防治服务。1993—2008年，每年门诊1000多例，上门服务300余次，销售渔药35吨左右，基本满足养殖农户需要。

1993年12月，由市水产指导站实施的“池塘养鱼主要鱼病综合防治技术研究”项目，对主要鱼病采用免疫、生物、药物、生态综合防治技术，使四大家鱼成鱼成活率达到95%，比对照组提高16个百分点，每亩增产鲜鱼60.8公斤，亩增毛利334.32元；累计实施面积8550亩，增产52.01万公斤，增加收入285.84万元。此项目经南通市科委组织的专家鉴定，1994年获南通市科技进步二等奖，被省水产局列为1994—1995年度十大水产技术推广项目在全省示范推广。

1999年，市水产指导站在南兴水产养殖场建立河蟹健康养殖试验示范区，试验池塘37口，养蟹面积661亩，重点研究河蟹颤抖病综合防治技术，从改善蟹池环境、消灭病原体和加强饲养管理着手，采取生态、生物、药物等防治方法，试验组河蟹发病率降低，回捕率达75%，较对照组的回捕率33%提高1.27倍，试验组比对照组每亩增产河蟹32.5公斤，增加利润2871元。1999—2001年在全市推广，3年累计推广3.4万亩，共增产河蟹1173吨，增加收入1.03亿元。

2004年，沿海滩涂养殖的1.2万亩青蛤发生大面积死亡，死亡率达95%，涉及养殖户1500多户，一般养殖户损失5～20万元，个别养殖大户损失100～120万元。经邀请江苏省海洋水产研究所专家现场会诊，采取稀养、轮养和暂时转养等措施，使青蛤病害得到有效控制。

2005年起，市水产指导站在石港镇马道村、市新中海水育苗场建立2个病害测报点，坚持长年测报、收集和上报病害发生情况，指导全市水产病害综合防治工作。