淡水主要水产品种有50多个，分属21目30科。经济鱼类有鲟鱼、鲥鱼、刀鱼、凤尾鱼、银鱼、河豚、长吻鮠（白吉）、青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、团头鲂、长春鳊、鲤鱼、鲫鱼、鲮鱼、鳗鲡、泥鳅、鳜鱼、鲈鱼、翘嘴红鲌、鲻鱼、梭鱼、鳡鱼、乌鳢、黄颡鱼、土步鱼（沙鳢）、黄鳝、兴国红鲤、方正鲫、异育银鲫、金鱼、镜鲤等。甲壳类有中华绒螯蟹、淡水白虾、青虾、克氏原螯虾、南美白对虾等。两栖爬行类有乌龟、鳖（甲鱼）、牛蛙、美国青蛙。贝类有三角帆蚌、褶纹冠蚌、背壳无齿蚌、黄蚬、湖螺、田螺等。从1993年起，先后引进胡子鲶、美国青蛙、巴西七彩龟、斑点叉尾鮰、罗氏沼虾等养殖新品种。

海水主要水产品种有40多个，分属15目24科。经济鱼类有斑鰶（青背）、沙丁、鳓鱼、鱑鱼、鱑鲫、凤鲚、鳗鱼、鲻鱼、梭鱼、鲈鱼、乌鲳、银鲳、大黄鱼、小黄鱼、梅童鱼、带鱼、马鲛鱼、蝦虎鱼、弹涂鱼、牙鲆、高眼鲽、半滑舌鳎等。甲壳类有葛氏长臂虾（红虾）、周氏新对虾（条虾）、哈氏仿对虾（金钓虾）、脊尾白虾（白虾）、红螯相子蟹（螃蜞）、虾蛄等。贝类有文蛤、西施舌、牡蛎、泥螺、青蛤、缢蛏、泥蚶、花蛤、四角蛤蜊等。藻类有紫菜、螺旋藻、江蓠等。从1993年起，先后引进中国对虾、斑节对虾、日本对虾、三疣梭子蟹、锯缘青蟹、刀额新对虾、南美白对虾、漠斑牙鲆、半滑舌鳎、花蛤等新品种。