1993年2月，南通县种畜场更名为通州市种畜场，配套设施有孵坊、半自动粉坊、饲料加工厂等，主要承担全市家畜家禽保种与繁育任务。1996年8月，改革生产承包形式，由多人联产承包改为一人大承包，明确技术要求及奖惩措施，由承包人承担经济责任。1996年9月，场办国有企业——通州市第三钢丝绳厂改制为通州泰力钢绳股份有限公司。1998年，经省农林厅组织专家评审、验收，市种畜场被定为省级重点种畜禽场。1993—2000年，全场共出售种猪617头，商品苗猪7663头，肉猪3760头；实现销售总收入4533万元，总支出4536万元，收支基本平衡。2000年末，全场总面积1860亩，其中耕地998亩，鱼塘108亩；房屋面积1.28万平方米，其中畜舍5507平方米。共有职工49人，干部12人（其中技术人员11人）。固定资产235万元，种猪存栏96头。

2001年3月，经省政府批准，种畜场整建制划归南通市经济开发区富民港办事处管辖，更名为南通市富民港种畜场。