1993年后，市兽医防疫部门根据国家有关动物防疫法令，坚持统一免疫程序，采取常年防疫和重大疫病突击防疫相结合，加强免疫监管。至2009年6月底，曾严重威胁畜禽生产的牲畜口蹄疫、猪瘟、猪丹毒、猪水肿病、奶牛结核病、动物血吸虫病、高致病性禽流感、鸡新城疫、鸡法氏囊病、鸡传染性支气管炎、鸡马立克氏病等重大传染性疾病均得到有效控制，未发生大面积流行。

高致病性猪蓝耳病  以高热、皮肤发红（紫）为特征的高致病性猪蓝耳病，在未确诊病原前曾称其为“高热病”。该病传播快，发病急，病程长，极易造成继发感染和混合感染。2005年7月10日前后，平东、刘桥两镇有少量生猪发病，7月20日后呈地方性流行，由西北向东南地区扩散，8月18日蔓延至20个镇，发病生猪33627头，发病率11.64%，其中种母猪4898头，育肥猪21671头，苗猪7058头；死亡生猪3912头，病死率11.63%，其中种母猪544头，育肥猪2325头，苗猪1043头。病情严重的地区有平东、刘桥、新联、石港、骑岸、兴仁等镇，到9月底疫情基本平息。以后每年特别是夏季均有不同程度的发病。2007年夏，此病在全国发生大流行，农业部确诊为高致病性猪蓝耳病，并研制灭活疫苗推广应用，疫情得到较好控制，但灭活疫苗的保护率有限，仍继续应用弱毒疫苗。

猪附红细胞体病  又称猪“红皮病”，1993年后，每年均有零星散发，2～3年有一次较大的流行，流行期发病率较高，但死亡率不高。2002年5—10月，市内11个镇76个村1475户5668头猪发病，发病率2.3%；7—9月为发病高峰，死亡生猪277头，病死率4.9%，以仔猪的死亡率最高，达20%左右，老母猪也有发病死亡。发病猪最小年龄为18日龄哺乳仔猪，最大年龄为3.5年的母猪。2003年8月，金沙镇光和村、西五里村两个村散养户饲养的120头猪，发病17头，经过治疗，未见死亡。2005年，全市有14个村的散养户、1个养殖场，共有194头猪发病，死亡44头，病死率2.7%。此后发病趋向平缓。

猪弓形虫病  每年都有零星发生。2004年，新联镇极孝村和洞坝口村有两户共79头猪发病，治愈68头，死亡11头，病死率13.9%。2005年，有6个村的散养户共73头猪发病，死亡18头，病死率24.7%。通过加强饲养管理，搞好环境卫生，定期消毒和驱除体内外寄生虫，减少应激因素的刺激，可减少此病发生。常用磺胺类药物进行治疗和预防。

山羊传染性脓疱病  1999年9月，此病先传入川港、袁灶两乡镇，随后南兴、张芝山、二甲、金乐等乡镇相继发病，至2000年1月疫情平息。2000年7月，五甲、东社、北兴桥、恒兴、三余、海晏等乡镇又相继发病，至11月平息。两年全市共有12个乡镇的山羊先后发病，病死率达45%左右。为控制和预防此病的发生、发展，在扬州大学兽医学院教授现场诊断和指导下，用山羊痘疫苗预防，同时对该病的治疗技术进行研究改进，取得良好效果。2009年春，因一些羊场从山东、河南等地购进带病羔羊而引起局部散发，但都呈良性经过，很少发生死亡。

小鹅瘟  2002年，海晏镇一户饲养200只雏鹅，发病141只，死亡59只，病死率29.5%。2004年，北兴桥镇两户共饲养400只雏鹅，死亡59只，病死率14.8%。2005年，石港镇一户养鹅150只，死亡72只，病死率48%。采用抗小鹅瘟血清给刚孵出的雏鹅注射0.3～0.5毫升，保护率可达95%左右；对已发病的雏鹅，病初每只皮下注射0.8毫升，疗效显著。

重大疫病免疫  1996年，通州市被省农林厅确定为农业部农牧渔业“丰收计划”项目——“以防治口蹄疫为主的养猪综合配套技术”实施县（市）之一。1997年开始推行牲畜口蹄疫免疫，以春秋季防疫为主，年均防疫15～20万头次，该项目1998年获省农林厅“农业丰收奖”一等奖。2002年，国务院及地方各级政府相继成立防治重大动物疫病指挥部，将重大动物疫病防控工作纳入政府统一管理，并实行常年月月防疫与春秋两季突击防疫相结合。2003年开始推行高致病性禽流感免疫，使用禽流感H5、H9等型疫苗进行免疫。2004年，市成立防治高致病性禽流感工作指挥部，制订防治高致病性禽流感应急预案，将禽流感防控纳入政府统一管理，建立5个应急预备队，储备必要的资金和应急物资，并进行实战演练，禽流感疫苗实行统购统供，疫苗款由各级财政与养殖户按比例分担。2004—2008年，市财政用于防疫的资金近560万元。2008年，全市生猪免疫近100万头次，免疫密度在95%以上，市畜牧兽医站先后被南通市和省授予生猪高热病防控先进集体和动物防疫先进单位称号。

猪瘟、猪丹毒免疫  实行常年月月预防与苗猪市场防疫相结合，免疫工作由乡镇畜牧兽医站组织，村级兽医人员承包实施，按规定标准收费。免疫用疫苗由市畜牧兽医站统购统供，以猪瘟—猪丹毒二联苗为主，适当使用猪瘟兔化弱毒疫苗和猪瘟—丹毒—肺疫三联苗。1993—2004年，年均免疫50～60万头次；2005—2007年，年均免疫60～80万头次；2008年免疫近100万头次，免疫密度在95%以上。

生猪链球菌免疫  1998年开始施行，在与如皋、南通市郊相邻的五接、平潮、平东、新联、张芝山、川港、先锋、姜灶等8个镇建立免疫隔离带。每年夏季使用链球菌C型苗进行免疫，隔离带内免疫密度达95%以上。2005年起，使用生猪链球菌Ⅱ型苗进行免疫，有效防止生猪链球菌病的发生和流行。

牛羊免疫  1999年起，实行羊痘苗免疫，年均免疫10万头次。2005年起，在使用牛羊口蹄疫O型苗免疫的同时，开展口蹄疫亚洲I型苗免疫。2009年开始，对奶牛开展口蹄疫A型免疫，免疫密度达100%；种羊、规模羊场的免疫密度在95%以上。

家禽免疫  1993年以后，根据蛋禽、肉禽、种禽的不同饲养周期，分别制订免疫程序，进行常年免疫。2008年使用各种单苗、联苗5000余万羽份，禽病得到有效控制。

1993年以后，畜禽检疫继续坚持产地检疫与市场检疫相结合。1995年起，取消对食品系统的委托自检，畜禽检疫统一由市兽医部门负责。1996年6月，全市实施生猪定点屠宰，生猪凭产地检疫证和免疫耳标进点屠宰，结束了长期以来在市场进行白肉检疫的行为。2008年，全市屠宰检疫生猪20万头，产地检疫生猪22万头，保证“放心肉”工程的顺利实施。