1993年2月，南通县良种繁育场更名为通州市良种繁育场，原有耕地3292亩，职工1732人，分3个大队。1967年、1973年、1974年经3次围垦，1976年将老洪港、新开港两个军垦农场撤销划入，以后南通市征用了部分农场土地，至2000年末，全场实有耕地4071亩，辖6个工区、20个场办工业企业，人口1918人，其中职工1273人，有农艺师、会计师各1人，助理农艺师等初级职称19人。

该场以繁育粮棉良种为主，1993—2000年，共生产粮食1.08万吨，为市内提供稻麦良种6827吨，种子纯度保持在99%以上。2000年，工农业总产值3009万元，其中工业产值2263万元；固定资产净值262万元。由于离退休人员不断增加和其他政策性、社会性开支上升幅度较大，累计亏损491万元，仅2000年即亏损72万元。2001年3月，经省政府批准，通州市良种繁育场整建制划归南通市经济开发区富民港办事处管辖，更名为南通市富民港良种繁育场。

1993年2月，南通县三余棉花良种场更名为通州市三余棉花良种场。2002—2004年，因修筑公路和兴修小型水利减少部分耕地。截至2009年6月底，全场共有耕地125亩，人口78人，其中技术人员2人（中级、初级各1人），在职职工21人，离退休职工28人。

1993—2008年，由于离退休人员不断增多，加上其他政策性、社会性支出增加，累计亏损95万元。2008年，全场工农业总产值115万元，年末固定资产净值4.7万元。

1993年2月，南通县石港稻麦原种场更名为通州市石港稻麦原种场。截至2009年6月底，全场有耕地68亩，人口44人，其中职工8人，有农艺师、助理农艺师各1人。

该场以繁育和示范种植稻麦良种为主要任务。1993—2008年，共生产粮食920吨，为市内提供稻、麦良种50吨，种子纯度保持在99%以上；累计亏损8万元。2008年，农副业总产值18万元，有固定资产净值20万元。