土壤肥力调查  继1990年6月至1991年8月第二次土壤肥力调查后，2001年组织全市第三次土壤肥力调查，共采集土样2410个，其中2200多个为第二次肥力调查同点位样品，分析化验2.65万项次，取得1.34万个有效数据。分析测定土壤有机质、全氮、速效磷、速效钾、有效锰、碱解氮等7个项目。测定结果：全市平均有机质为16.2克/公斤、全氮1.21克/公斤、速效磷7.6毫克/公斤、速效钾91.6毫克/公斤、有效锰162.3毫克/公斤。与第二次肥力调查结果相比，土壤有机质和全氮分别上升1.3克/公斤和0.15克/公斤，速效磷上升3.6毫克/公斤，速效钾下降8.9毫克/公斤，有效锰上升45.3毫克/公斤。

2006年，通州市被农业部列为测土配方施肥补贴项目实施县（市），当年采集土壤样品5700个，分析测定了土壤有机质、全氮、速效磷、速效钾、缓效钾、全磷、全钾、pH值、阳离子代换量、有效锌、有效铜、有效铁、有效锰、有效硼等14个项目，测定结果表明，土壤肥力较前几次调查均有明显提高，平均有机质为19.7克/公斤、全氮1.42克/公斤、速效磷9.7毫克/公斤、速效钾96.4毫克/公斤。与第三次肥力调查结果相比，土壤有机质和全氮分别上升3.5克/公斤和0.21克/公斤，速效磷上升2.1毫克/公斤，速效钾上升4.8毫克/公斤。

无公害蔬菜基地土壤质量测定  1995—1998年，进行万亩连作蔬菜土壤质量测定。对正场、金沙两镇19个村蔬菜基地的大棚和露地菜园采土样61个，检测17项目。大棚蔬菜土壤检测结果平均：有机质17.1克/公斤，全氮1.38克/公斤，速效磷76.9毫克/公斤，速效钾154毫克/公斤，表明大量元素富集，配比失衡，急需修复。露地菜园土壤检测结果平均：有机质18.9克/公斤，速效磷9.4克/公斤，速效钾118.7克/公斤，表明这部分菜田土壤有相当部分地块还没有熟化，土壤养分含量较低，需因地制宜平衡增加投入，加速土壤熟化。菜园土壤有效硼平均0.58毫克/公斤，两镇蔬菜地85%以上缺硼；有效锌平均0.94毫克/公斤，缺锌面积为28.6%～50%；有效钼平均0.182毫克/公斤，缺钼面积为25%～57.1%；有效铜平均0.175毫克/公斤，缺铜面积为50%～85.7%；易还原锰平均86.9毫克/公斤，缺锰面积为14.3%～87.5%。

无公害农产品生产基地土壤质量测定  2003—2005年，对东社、十总、骑岸、四安、二甲、先锋、姜灶、金沙、新联9个镇的农产品生产基地土壤质量检测，共抽检水样9份、土壤样品19份，检验项目204个，获得检验数据204个，检测结果平均：水样pH值7.7，化学需氧量24.2毫克/升，总汞0.0003毫克/升，总铅0.009毫克/升，铬（六价）0.012毫克/升，石油类0.41毫克/升，总镉、总砷、氰化物、粪大肠菌群均未检出；土样pH值8.1，镉0.12毫克/公斤，汞0.16毫克/公斤，砷5.22毫克/公斤，铅23.02毫克/公斤，铬61.03毫克/公斤，所有检测项目均未超标。

无公害水稻土壤质量测定  2003—2005年，对五甲、骑岸、二甲、四安、兴东、东社、新联、五接等16个镇进行水稻土壤质量测定，共抽检水样17份，土壤样品122份，检验项目854个，获得检验数据854个。检测结果平均：水样pH值7.74，总汞0.0003毫克/升，铬（六价）0.014毫克/升，总铅0.003毫克/升，石油类1.24毫克/升，挥发酚0.056毫克/升，总镉、总砷均未检出；土样pH值7.59，总汞0.13毫克/公斤，总砷6.71毫克/公斤，总铅22.08毫克/公斤，总镉0.008毫克/公斤，总铬58.23毫克/公斤，所有检测项目均未超标。

人畜粪（灰）肥  20世纪90年代以后，随着部分务农劳动力逐步转入第二、三产业，农村中盛行30多年的群众性挖河泥铺生、沤制草塘泥造肥的做法已经绝迹。一般用作基肥和追肥的人畜粪（尿）以及羊棚灰、杂灰等有机肥的积聚和用量也在减少，1993年亩均用量为2226公斤，其中人畜粪（尿）2057公斤，羊棚灰52公斤，杂灰117公斤。此后随着务农劳力减少，人畜粪用量逐年减少，2001年亩均用量仅为727公斤，以后由于养殖业的发展又稍有回升，2005年亩均使用量为1255公斤，其中人畜粪（尿）1051公斤，羊棚灰108公斤，杂灰96公斤。2008年亩均用量又降为734公斤，其中人畜粪（尿）690公斤，羊棚灰13公斤，杂灰31公斤。

绿  肥  以黄花草（黄花苜蓿）和青蚕豆秸为主。1993年黄花草种植面积4.89万亩，此后种植面积逐年减少。2001—2008年，种植面积每年在5000亩左右，仅为1993年的十分之一。

饼  肥  常用饼肥有豆饼、菜籽饼和棉籽饼三种，主要作基肥。因豆饼和棉籽饼可做饲料，加上棉花种植面积减少，用作肥料的棉籽饼数量呈逐年下降趋势，1993年每亩用饼肥12.6公斤，2005年减至7.8公斤，2008年仅为2公斤。

作物秸秆  秸秆还田面积逐年增加。1993年为86.36万亩次，占播种面积的49.1%，亩均还草量127公斤。2008年为120万亩次（其中秸秆直接还田面积107万亩次），占播种面积的84.9%，亩均还草量为283公斤。

化  肥  1993—2000年，化肥投入量总体上是逐年增加，年均用量（折纯氮）：1993—1994年为2.8～3万吨；1995—1998年为3.7～4万吨；1999—2000年超过4万吨。2001年后因行政区划调整，全年播种面积减少，2001—2007年年均用量3.1～3.5万吨，2008年降至2.66万吨。

20世纪90年代以后，复合肥用量增加，年均用量：1993—1994年为0.9万吨左右；1995—1999年增加到1.3万吨左右；2001年后在总播种面积减少的情况下，仍保持1.2～1.5万吨。

微量元素肥料  水稻主要使用锌肥，油菜、棉花主要使用硼肥。1993—2008年销售量较均衡，年均销售锌肥20吨、硼肥15吨左右。

2007年，通州市被列入商品有机肥推广应用补贴试点县，2007—2008年，商品有机肥销售使用3100吨，2008年—2009年6月销售使用5752吨。

1993年起，全面推广测土配方施肥技术，以土壤肥力普查测定氮磷钾养分含量为依据，划分平衡施肥区，划分的原则是：同一区内的耕作制度、生产特点相同，重大农艺措施相近，土壤速效养分含量趋势基本一致；分区命名与氮磷钾养分含量高低挂钩。全市麦稻油种植区共划分为6个平衡施肥区，棉花种植区分为4个平衡施肥区。2005年，根据土壤测试结果，结合专门制图软件将夏熟作物分成5个分区，秋熟作物分成4个分区，按照不同分区研制专用肥配方，由指定生产企业生产，供应至指定分区。

2006年，通州市被农业部列入测土配方施肥补贴项目县（市），2007年起被列为续建项目县（市），主要围绕测土、配方、配肥、供肥、施肥指导五个环节实施测土配方施肥技术推广工作。2009年5月，通州市耕地资源管理信息系统通过江苏省土肥站组织的验收，利用该系统绘制《通州市水稻测土配方施肥分区图》和《通州市夏熟作物测土配方施肥分区图》等图件，提高测土配方施肥的精确度。