水  稻  1993—1998年，水稻主要品种为武育粳3号，生育期较短，米质佳，适口性好，全市约种植35万亩。1996年引进92-109粳稻新品系，其抗倒性强、穗大、米质较优、产量高，1997年推广种植15.7万亩。1999年，由于武育粳3号出现一定程度的退化，改用高产优质品种95-20、95-16、269代替。当年水稻成熟期遇大风大雨，造成大面积倒伏，但示范种植的5000亩优辐粳品种表现良好的抗逆性能，亩产达650公斤左右，且米质较好。2000年，优辐粳推广面积达30万亩。2003年，引进优质杂交粳稻新品种86优8，在金沙、平潮、十总等地进行大面积示范种植。

2005年起，实行水稻良种补贴，主要推广武粳13、武香粳14、宁粳1号和通育粳1号4个粳稻品种和糯稻大华香糯，同时示范种植新品种武粳15和秋风糯。

2008年，大面积推广种植宁粳3号、南粳44，示范种植镇稻413号、盐粳10号、盐粳11号。

三  麦  1993—1998年，小麦品种以扬麦158为主，部分地区搭配少量扬麦5号。大麦品种有如东3号、如东5号和矮早三。元麦品种有浙114、如东4号、通麦6号。1998年示范种植高产红皮小麦宁麦8号。

1999年，国家调整粮食收购政策，红皮小麦退出保护价收购，提高白皮小麦收购价，推广种植白皮小麦苏麦6号近10万亩。2000年，由于苏麦6号白皮小麦抗病性较差，许多地方出现穗发芽，因而予以淘汰。

2005年，实行小麦良种补贴，全市供应宁麦9号150万公斤，创历史最高纪录。同时种植的小麦品种有扬麦158、宁麦8号和扬辐麦2号。

2006—2008年，小麦品种以扬麦11、扬麦13、扬麦15为主，少量种植宁麦8号、宁麦9号，示范种植宁麦14。

棉  花  1993年，中西部棉区主要品种为湘棉10号，种植面积达20万亩；三余枯、黄萎病混生棉区则种植中棉12、中棉15等抗病品种。1994年起，大面积推广泗棉3号；在三余枯、黄萎病混生棉区示范种植太8893（后审定定名为苏棉8号）。1996年淘汰泗棉3号，推广苏棉8号，1997年种植苏棉8号24.6万亩。

2002年，大面积示范种植转基因抗虫杂交棉南抗3号，常规品种则以苏棉12为主。2003年，抗虫棉种植面积达10万亩左右，品种有：南抗3号、鲁棉研15、中棉38、中棉29、湘杂棉3号等；刘桥、新联等少数镇种植苏棉18号。2004年，因湘杂棉3号铃大、壳薄、吐絮畅、花色白，种植面积迅速扩大，成为棉田主体品种之一。2005年，又引进杂交抗虫棉新品种鄂杂棉10号、慈抗杂3号和常规品种苏棉9号。2006—2008年，棉花种子市场品种较多，主要推广种植苏杂棉3号、科棉3号和泗杂棉6号，同时种植的有鄂杂棉10号、鄂杂棉28、鲁棉研23等。

油  菜  1993—1997年，以秦油2号为当家品种，种植面积占油菜面积的80%以上，其余为中油821和少量的汇油50。1997年，秦油2号出现开小花、不结角现象，此后种植面积迅速下降，到2001年全部淘汰。1998年，推广双低杂交油菜油研8号，到2000年成为当家品种。2001年又引进双低杂交油菜品种宁杂3号，当年种植1万亩左右，但仍以油研8号为主。2002年，引进秦优7号，至2005年种植面积在30万亩左右；同时种植的其他品种有皖油18、淮杂油1号、史力丰、沪油16等。2006—2008年，主要推广种植秦优10号、秦优7号、史力佳；同时种植的品种有秦优8号、丰油701、德油8号、太空油菜、宁油16、宁杂11、中农油6号和红油杂2号、华油杂9号、华油杂10号等。

玉  米  1993—1996年，玉米当家品种为掖单13号，搭配少量西玉3号和掖单4号。1997年示范种植苏玉9号。2002—2003年先后引进苏玉17、苏玉19，到2008年成为当家品种，同时少量种植的品种有苏玉18、登海9号、登海11、东单60、神玉2号和郑单958等。

蚕  豆  1993—1996年，种植的蚕豆品种有三白蚕豆、大青皮、启豆1号、2号。1997年从浙江引进大白皮蚕豆后，种植面积逐年扩大，2002年种植面积占蚕豆面积的50%以上。2008年，全市蚕豆种植品种以大白皮、大青皮、香蕉豆为主。

大  豆  夏大豆以农家品种七月白、八月白、牛踏扁、水黄豆为主。变化较多的主要是早毛豆品种，1993—1994年为合丰26，1995年引进豆粒稍大的黑河9号，替代合丰26；1999年从辽宁引进优质大粒型品种93-4、辽鲜1号；2003年后，先后引进早生白乌、台湾75、春绿60、日本青、台湾292、95-1和青酥2号等早熟优质的毛豆品种。2008年，夏大豆引进了中黄13、苏杂1号、豫豆16，夏大豆种植面积迅速扩大，超过10万亩。

马铃薯  1993年，高产个大的克新1号是主推品种。1999年从河北省围场县引进新品种早大白，由于种薯含水量高、易烂，次年就加以淘汰。2005—2008年，种植品种仍以克新1号为主。

1993年，在石港镇石北村建立湘棉10号良种繁殖基地，在石港稻麦良种场建立常规稻、麦良种繁殖基地，繁殖品种有水稻良种武育粳3号、83-85，小麦良种扬麦158等。同年，在市良种场建立中油821和汇油50两个油菜良种繁殖基地，同时建稻、麦“三圃”田1000亩，良种繁殖田1.3万余亩，至2000年止，年均生产原良种200万公斤左右。

1995年引进92-109、武育粳5号，分别在石港镇石西村、九家庄村建立繁殖基地。1996年引进苏棉8号，在新联镇建立原种一代繁殖田1.1万亩。1998年引进粳稻新品种武育粳8号、武香粳14、269和糯稻新品种91-21，在新联镇卞立庙村、四安镇阚家庵村和市良种场分别新建繁殖基地。同年，石港、新联、刘桥三镇被列为苏棉8号良种繁殖基地。1999年引进的宁麦8号，在市良种场繁殖。2000—2001年，引进水稻新品种优辐粳、陵香粳和大华香糯，分别在石港、新联及市良种场繁殖。2002年，因推广抗虫杂交棉，石港、新联棉花繁殖基地停止棉花种子生产。2003年引进武粳13，2005—2008年，引进武粳15、宁粳1号、宁粳3号、南粳44，在新联、石港两镇繁殖。

1992年，县种子公司在石港镇新建棉种泡沫酸脱绒加工车间，对棉种进行泡沫酸脱绒、种衣剂包衣、复合袋包装，提高棉种质量，实现全县棉花统一供种。1993—1999年，先后对玉米、水稻、小麦种子应用种衣剂包衣技术，累计包衣种子1212.7万公斤，推广种子包衣面积372.4万亩次，增产粮食3933万公斤、皮棉792万公斤，增加经济效益1.53亿元。

1993年，为推行市乡镇联合供种，南通市和通州市政府专门拨款，各乡镇配套一部分资金，新建有独立的种子仓库、门市部、检验室、晒场的乡镇种子站，共投放资金516.5万元，至1994年，全市49个乡镇种子站基础建设全面竣工，共建仓库7480平方米，晒场1.11万平方米，检验室820平方米，添置相应的种子检验仪器设备40多台套。乡镇种子站设施条件改善后，市乡镇联合供种得以顺利推行。1996年，共销售各类农作物原良种351万公斤，其中三麦35万公斤，水稻95万公斤，棉花33.5万公斤，油菜6.5万公斤，玉米35万公斤，马铃薯等146万公斤，主要作物良种覆盖率达到96%。

1997年，市种子公司在市开发区银河路西首新建种子仓库545平方米，加工车间347平方米，添置5吨/小时种子生产流水线一套。

2000年12月，《中华人民共和国种子法》正式颁布实施，种子市场逐步呈现多元化经营格局，但种子供应仍以市种子公司和镇种子站为主渠道。2003年，南通大华、南京神州、中江种业、南通市蔬菜种子公司、长江种子公司等多家企业，纷纷委托市供销社及个体户经营、代销种子，种子市场全面放开。据不完全统计，当年全市有种子经营户250余个，已保持10多年的统一供种模式被打破，市镇联供份额逐年下降，到2005年，市镇联供数量不到60%，并出现种子质量不平衡，品种多、乱、杂再次回潮，市场上种子以次充好、以假乱真现象时有发生。

2005年开始，对水稻、小麦实行良种补贴政策，翌年棉花、油菜也相继实行良种补贴，全市粮、棉、油种子供应量得到快速增长，年平均供应量超过350万公斤。

2008年底调查，全市有水稻品种18个、棉花品种52个、玉米品种21个、大豆品种11个、西瓜品种18个、油菜品种39个、小麦品种14个。