1993年后，农机安全监理工作由市农机监理所承担，对全市的农用拖拉机、内燃机、脱粒机和农副产品加工机械及其驾驶员、操作手等实行检验制度，并按照技术要求核发牌证。1997年5月1日起，上道路行驶的拖拉机，除在城区专营运输以外，其余拖拉机的安全技术检验、驾驶员考核和核发道路行驶牌证等工作，由市公安局委托市农机监理所实施，公安部门进行检查监督。1999年，建立市农机安全稽查大队，主要负责市内农机安全作业和农机产品质量监督，维护农机生产秩序。2004年5月1日，《中华人民共和国道路交通安全法》施行后，农业机械主管部门由受委托管理转变为法律授权实施管理，负责上道路行驶的拖拉机及驾驶人员的考核考试、检验审验和发牌发证等工作。至2009年6月底，全市共核发上道路行驶拖拉机牌证5485台，上道路拖拉机驾驶证6983本，联合收割机牌证795台，联合收割机驾驶证613本。

从2005年起，通州市开展以建立农机安全生产长效管理机制、确保人民生命财产安全为目标，以创建农机安全示范镇、示范村、示范户为载体的“平安农机”创建活动，达到提高检审率、挂牌率和压低农机事故的效果。2008年末，通州市获江苏省平安农机示范县（市）称号。至2009年6月，先后有11个镇被省安监局、省农机局命名为平安农机示范镇，4个镇被南通市综治办、安监局、农机局命名为平安农机乡镇。全市连续10多年没有发生一起重特大农机道路交通事故和农田作业致人死亡事故。

市农业机械技术学校是开展农机技术培训的主要场所，主要培训中小型拖拉机操作人员。1996年起，培训重点转向农用运输车（后来定型为变型拖拉机）驾驶员。1998年开始进行联合收割机操作技能的培训。2001年开始进行插秧机机手的技术培训。

2000年，通州市农机学校被定为南通地区唯一能独立培训高档联合收割机的机械知识、驾驶操作、维护保养、常见故障排除知识的学校，2005年被确定为江苏省第二批农机行业职业技能鉴定培训基地。

1993年—2009年6月，共培训各类农机技术人员1.76万人次。

1995年前，各乡镇农机站均设有农机维修点，进行农机具维修服务。此后，乡镇农机站通过机构调整、人员精减，逐步由服务型转变为管理型，原有的二级维修点逐步消失，个体农机维修点迅速发展。1999年，市农机部门对农机维修网点进行普查和资格审定，对以个体为主的37个三级农机维修点核发农机维修技术合格证。2003年，对所有农机维修点进行评审验收，32个农机维修点验收合格，换发三级农机维修技术合格证；同时举办一期农机修理技能培训班，有42名农机修理工通过省农机职业技能鉴定中心的考试考核，领取农机修理工初级职业资格证书。同年，市农机维修中心通过考核验收，被定为全省第一批一级维修点，为南通地区唯一一家。2007年，全市28个农机维修点到期换发新证。2009年上半年又新增5个农机维修点，农机维修点达到34个。