1992年末，全县建存沼气池1.07万只。

1993年，经国家计委、财政部、农业部、能源部等8部委批准，南通市成为国家“八五”期间农村能源综合建设试点市，通州市承担以建设净化沼气池为重点的子课题，并全面推广。

1995年8月，建造粪便集中处理场，总容积350立方米，通过厌氧发酵产生沼气压力，分级自流，分级处理，逐段降解，日处理粪便3～5吨。至1996年4月，全市新建净化沼气池372只，总容积4000立方米，年处理污水285万吨。据测算，利用净化沼气池处理每吨污水可节约成本213元。此后5年又新建净化沼气池408只。

2002—2004年，骑岸镇三雁村实施省级生态家园富民工程，推广猪（禽）—沼—粮（菜、果）模式，连片新建沼气池100只，建成生物链工程，进行资源多级利用，成为省级生态家园示范村，实现家居清洁化、庭院经济化、人畜粪便无害化、农副产品优质化，户均年节省燃料费260元，广受农户欢迎。

2005年，省市投资14万元，在三余镇苴西村建造一座分散养猪、集中处理猪粪的200立方米长隧道折流式沼气工程，储气柜10立方米，将14个农户饲养的1500头猪的粪便进行无害化处理，产生的沼气可供20个农户生活用燃气，沼渣沼液用作无公害农产品基地肥料，经济、社会、生态效益极为明显。

1993—2008年，全市共新建三结合沼气池3718只，修理改造沼气池245只，沼气池使用率在90%以上；建设畜禽场沼气治理工程7个，总池容达1150立方米，年处理畜禽粪污5.7万吨，年产沼气3万立方米，折合标准煤21吨；新建净化沼气池863只，总容积3.34万立方米，年处理污水能力195.60万吨。

截至2008年末，全市实存沼气池1.3万只，年产沼气390万立方米，折合标准煤2730吨，“三沼”（沼气、沼渣、沼液）综合利用年可节支增收649.5万元。

1999年11月—2000年3月，兴东镇土山南村建成市内第一座秸秆气化站，并一次点火试产成功。该站占地1100平方米，建有机房及贮料室100平方米，钢质湿式贮气柜600立方米，安装XFF-2000型秸秆气化机组一套（2001年换置LXG600型机组），建设输气管道1500米，供50个农户用气，总投资58.3万元。

2000年12月—2001年2月，二甲镇坨墩村秸秆气化站建成。该站占地1800平方米，安装LXG-200型秸秆气化机组一套和300立方米贮气柜一座，供200个农户生活用气，总投资52.8万元。用料主要是花生壳，投料1公斤可产燃气2.2立方米。据2001—2005年运行测算，年均节省燃气费9.6万元，折合标准煤192吨。秸秆气化使秸秆资源得到科学利用，并且减轻环境污染，增加社会效益。

2005年，通州市被省环保厅、农林厅、农机局、交通厅、民航局授予秸秆禁烧和综合利用先进单位称号。

1993年，为推广农作物秸秆还田，改变日常生活中以柴草作燃料的习惯，开发新的替代能源，从扬州新星太阳能热水器厂引进120多台真空管太阳能热水器，首先在城镇50多个用户中进行试验推广，反映良好。

1994年4月，市国税局投入8万元建成八角亭住宅楼120平方米真空管太阳能热水器，试行集中供应热水。

1995—1996年，市教师进修学校和石港化肥厂利用职工宿舍楼顶层安装太阳能热水器分户管道供应热水。

1998年，通州市桑夏太阳能有限公司和光洋太阳能热水器有限公司建成投产，填补通州太阳能热水器生产的空白，太阳能利用逐步由城镇走向农村。2002年，桑夏太阳能热水器公司引进真空管生产线，年生产“桑夏”牌太阳能热水器30万台，产值2亿多元，产品除在市内大量推广外，并销往全国20多个省市，成为省名牌产品、省著名商标和国家免检产品。

至2008年末，全市共有真空管太阳能热水器生产厂13个，产值近3亿元；城乡太阳能热水器用户23.62万户，占总户数的48.72%，安装太阳能真空管38.75万平方米，年节约标准煤2.85万吨。