实行家庭承包责任制后，村合作经济组织一般均配备2～3名专职会计，负责集体财务管理，乡镇农经服务站进行业务指导、代培会计人员、接受委托往来结算、审计等工作。1996年3月，财政部颁发《村合作经济组织财务制度（试行）》和《村合作经济组织会计制度（试行）》，对农村集体财务管理工作进行规范。1997年2月，市委农村工作部增挂“通州市农村经济委员会”和“通州市人民政府农村集体资产管理办公室”两块牌子，行使对农村集体财务管理的指导、协调、监督和服务职能。1998年，全市开展农村集体资产清产核资工作，核定资产存量，界定资产权属，分类登记造册。查明全市农村集体净资产为16.41亿元，其中乡镇级12.47亿元，村级3.94亿元。通过清产核资，建立农村集体资产管理体制和使用责任制度、管理监督制度，确保农村集体资产保值增值。

2001年2月，市委、市政府决定对村级财务全面推行村账镇代理，以逐步建立起适应农村社会经济发展需要的村级财务管理机制。将村级主要财务账目（账册、凭证）由村管理改为由镇农经站专人代记和管理，实行一村一账。村账镇代理的原则：村集体资金所有权不变，村集体资金使用权不变，村集体资金收益分配权不变，以村为单位的基本核算单位不变，监督机制不变。村账镇代理的做法：镇农经服务站负责村账镇代理的具体业务工作，分村设置总账、明细账，集中记账、算账、审核，受理村会计每月一次的定期报账结账，每个季度与村会计核对一次各种往来明细账，确保账账、账物、账款、账表、账据五相符；村会计使用的账本、会计资料年终交镇农经服务站统一归档。实行村账镇代理后，村合作经济组织的会计人员由原来每村2～3人，精简为1人，仅此一项，全市每年减少村级支出约600万元。

2006年初，根据省有关规定，在全市范围内开展农村财务规范化管理合格镇、村创建活动。合格镇、村的主要标准：（1）建立科学、规范、操作性强的财务管理制度；（2）控制新增不良债务的措施得力、有效；（3）建立完善的村账镇代理制度；（4）财务公开规范，符合“三个化、三个一、五规范”要求；（5）有健全的民主理财组织；（6）实行会计电算化；（7）村会计持证上岗，定期参加培训和年检；（8）档案管理规范。至2007年末，所有镇、村都达到合格标准，并通过省和南通市的考核验收。