1983年全面推行的集体土地家庭承包经营责任制，至1997年第一轮土地承包期结束。根据中央关于在农村集体土地承包期15年到期后再延长30年的指示，1997年8月，市委、市政府通过调查研究和进行试点后，出台《关于做好延长农村集体土地承包期工作的意见》，要求各乡镇按照“大稳定、小调整”的总原则，制订实施方案，积极稳妥推进二轮土地承包工作。至年末，基本完成土地延包发证。在全市884个村、10593个村民小组、31万多农户、110.9万亩承包地中，延包发证的5308个组、20.6万农户，承包面积59.3万亩，占总面积的53.47%；小调整的4605个组、7.8万农户，承包面积45万亩，占40.58%；大稳定的654个组、2.6万户，承包面积5.8万亩，占5.23%。还有26个村民小组、0.8万亩承包地，因修建新长铁路需要调整土地，延至1999年全面完成集体土地二轮承包发证的扫尾工作。

1996年调查，全市共有可用于养殖或种植的淡水水面10.8万亩，其中池塘3.9万亩，河沟6.9万亩。大部分地方的水面没有组织承包经营，只有少数农户对家前屋后零星的池塘水面自发进行养鱼或种植菱藕，未利用的水面尚有6.84万亩，占可利用面积的63.3%。2001年开展健全集体水面生产承包工作，各地通过规划安排，协调和落实承包农户，完善水面生产承包责任制，全市共发证承包河塘8.7万亩，水面利用率达到80%以上。

1993年，针对有些地方务农劳动力减少、土地抛荒和土地规模经营难以形成等问题，通州市在省内率先建立农村集体土地使用权流转机制。1994年，全市流转土地3万多亩，出现一批种植业大户，其中拥有耕地10～20亩的88户，20～30亩的22户，30～50亩的12户，50亩以上的6户，最多一户有耕地124亩。另外有养殖业大户480户，共承包土地1.13万亩。全市相继建成农业股份合作制企业68个，形成新的经济规模和经营态势。

1995年，市政府从农业发展基金中划出专款，对种植耕地15亩以上的大户，按其规模大小分别奖励弥雾机、筒式脱粒机、机动条播机、手扶拖拉机和联合收割机等农业机械。进一步推动农业适度规模经营的发展，至1995年末，全市形成拥有耕地15亩以上的种植大户208户，拥有耕地100亩以上的家庭农场1个、村办农场11个，其中规模最大的是兴仁镇徐庄村的村办农场，拥有耕地390亩。

2002年初，市成立农业用地信托服务中心，负责农村集体土地使用权流转的指导、协调、服务工作，制订《通州市农村集体土地使用权流转操作规程》，建立土地流转台账，规范土地流转行为，当年流转土地面积9.79万亩，占总承包面积的9.9%；形成连片经营土地20～50亩的934块，50～100亩的42块，100亩以上的14块。

至2009年6月底，全市累计流转土地30.47万亩，占总耕地面积的27.63%。其流转方式为：转包4.99万亩，转让4.07万亩，互换4.19万亩，租赁5.98万亩，入股3.17万亩，委托经营8.07万亩。全市共有连片经营土地100～500亩的151块、3.29万亩；500～1000亩的7块、0.78万亩；1000亩以上的2块、0.47万亩。