1994年9月14日，通州市沿江沿海开发建设指挥部成立。规划开发江岸、海岸沿线的南部、东部、西部3个区域，总面积250平方公里，涉及17个乡（镇、场）、139个行政村，总人口21万人，拥有江岸线32.1公里，海岸线16.27公里。指挥部下设办公室、招商联络处、沿江沿海开发建设总公司、三余办事处、平潮办事处和通海办事处。1995年5月建立通州港区，同时成立中共通州港区工作委员会、通州港区管理委员会，与沿江沿海开发建设指挥部合署办公，下设办公室、经贸发展局、国土规划建设局、开发建设总公司。为充分发挥区位优势和资源优势，通州港区编制（南部）总体规划，同时编制一批适合港区实际的招商项目和《通州港区》招商画册，向国内外客商广泛宣传。随着公安、工商、财政、国税、地税等机构的建立，港区社会治安、工商行政、财政税收各项工作逐步走上依法管理轨道，港区建筑市场管理、规划管理、土地管理也逐步做到依法有序。2002年12月，市委、市政府决定，通州港区管委会与市外经贸局合署办公，实行“一套班子、两块牌子”管理模式。2004年，港区管委会组建专门工作班子，牵头开展临江开发一系列工作。科学论证建港可行性，完成水下地形图测绘和天生港水道中段水文测量，并对天生港水道中段进行定、动床物理模型试验。委托南通市规划设计院编制西部沿江开发区域水域、陆域开发利用总体规划，拟将通州市西部沿江打造成船舶修造业基地。利用约6公里长的-5米等深线长江岸线，中部约3公里岸线规划建设5座5000吨级码头，其中货主码头4座，公用件杂货码头1座，重点吸引物流、重工等项目；两端约3公里岸线规划为船舶修造企业。2008年6月12日，市委、市政府发出《关于整合重组市沿江沿海开发建设机构的意见》，撤销通州港区管理委员会，港区人、财、物并入苏通大桥工业区，组建通州市港务办公室，专职负责沿江、沿海岸线规划管理工作。

1994年12月，东方红农场南侧江堤修复工程开工建设，1995年12月竣工。工程投资500万元，由市沿江沿海开发建设指挥部与江苏省沿海滩涂开发利用管理局对等投资。工程实施后，通州增加土地66.67公顷、可用长江岸线1650米。1996年4月，东方红农场西南侧江滩小围堤防工程施工，总投资3099万元，其中韩国水山造船（通州）有限公司出资62.8%，中方出资37.2%。次年11月工程竣工，增加土地73.33公顷、可用岸线1450米。至1996年末，沿江沿海开发建设指挥部（通州港区）共投资5000万元用于基础设施建设。修建道路9.4公里，架设供电专线9.2公里。区内（南部）基本实现道路、电、水、电话四通和地块平整。

1997年，与水山造船（通州）有限公司配套的3.5万伏变电所、日产2000立方米自来水水厂及水山路等先后建成。

1998年6月，港区综合办公楼破土动工，工程总投资600万元，高10层，建筑面积5800平方米。1999年12月，港区办公地点由良种场移至南通农场江海镇。同年，东方红农场垃圾场迁移至如皋境内，9月，覆土工程完工，并通过南通市建委组织的工程验收。

1999年3月，港区段长江堤岸达标工程开工建设，江堤长度4200米，总投资600多万元，12月竣工。

2003年，港区投资300多万元进行基础设施改造。建设雨污水排江工程，包括代进顶管、堤外沉管、集水池、压力箱、堤内雨污水管及水泵控制室等。完成江堤堤顶道路修建工程，并在金利化工北侧铺设360米沥青道路。

2007年，港区投资60多万元修建新、老堤间的园区道路，加大园区出江排污管管理和维护，确保企业污水正常排放。

1995年12月，韩国株式会社水山重工业独资兴办的水山造船（通州）有限公司在通州港区通洋工业区落户，受让土地63公顷，其中陆地8.4公顷、滩地49公顷、水域5.6公顷，利用长江岸线700米。1996年4月开发建设。1997年11月，水山码头实现口岸开放。

1995年12月8日，通州金利化工有限公司领取工商营业执照，受让土地2.53公顷。

1997—2004年，香港威特包装制品有限公司、通州市正大农药厂生产基地、通州阿林床上用品有限公司、通州亚太颜料厂、通州市桃园助剂厂、鼎泰农药包装机械（南通）有限公司等先后落户港区。其中，正大农药厂生产基地占地6.67公顷，建筑面积4万平方米。2005—2006年，港区大项目建设取得重大突破，先后有南通振宇化工有限公司、南通明德重工有限公司、江苏韩通船舶重工有限公司、宏仁气体等企业落户并相继开工建设。2006年，正大农药厂与美国陶氏公司合作的农药分销中转中心建成。2007年，正大农药厂通过省危险化学品企业安全标准化管理验收。