1992年6月，南通县城南开发区建立，1993年11月被省政府批准为省级经济开发区。随着城市建设和经济不断发展，通州经济开发区先后向西拓展、向南延伸。2009年6月，通州经济开发区辖区面积40.66平方公里，有各类企业522个，其中“三资”企业140个。

为扩大项目承载平台，通州市分别在1995年5月建立通州港区，2003年8月建立苏通大桥工业区，2007年1月建立通州滨海工业区。1996年11月，小海镇建办民营经济区。之后，各乡镇陆续建立工业（民营）经济区。经过2000年、2001年、2007年和2008年4次行政区划调整，至2009年6月，全市19个镇都建有工业集中区。