1992年，境内出口商品由南通县对外贸易公司（简称外贸公司）统一经营。县外贸公司主要负责县内出口商品收购和向外贸口岸调拨供货业务，并负责外贸产品质量和产品生产进度全程监督，确保按质、按量、按期交货。县外贸公司在向江苏省口岸供货的同时，还向北京、天津、上海、深圳、青岛等地80多个进出口公司提供出口货源。

1993年2月，市外贸公司获得进出口经营权，从此走上“自主经营、自负盈亏、自我约束、自我发展”的外贸出口之路。是年着重抓具有民族特色的新产品——绗缝制品出口，并在广州秋季交易会上一炮打响。当年实现自营出口125万美元，成为苏中地区自营出口首破百万美元的县级公司。同年，江苏通盟色织集团公司成为全市第一个获得进出口经营权的外贸生产企业，自营第一年成交额400万美元，成为全省新批自营出口生产企业的佼佼者。1997年，全市新获进出口经营权的生产企业10个，累计16个。

1998年，新增11个生产企业获进出口经营权，全市获权企业增至27个。市外贸公司出口业务则出现严峻局面。公司在政府关心、指导和金融单位支持下，按照《公司法》要求实行内部改制，组建南通峥嵘对外经贸有限公司、南通赛林对外经贸有限公司、南通丰荣对外经贸有限公司和南通雅颂对外经贸有限公司4个具有独立法人地位的有限责任公司。在各有限责任公司的股份中，市外贸公司以业务渠道、客户关系等无形资产，经有关部门评估后投入，占股20%。各有限责任公司全部用“通州市对外贸易公司”名义开展进出口业务，但不得以此名义在国内收购货物，经营风险全部由各有限责任公司承担。有限责任公司每自营出口１美元贸易上交0.2元人民币，作为外贸公司出借经营权、提供业务配套服务和投股的收益，此款全部用于偿还外贸公司改制前所借贷款的利息和本金。2000年，根据省外经贸厅7月在江阴召开关于外贸企业改革与发展工作交流会精神，市外贸公司以产权制度改革为突破口，实施分立、重组、改制。经省外经贸厅批准，申报国家外经贸部核准，通州市新贸进出口有限公司于年底成立。公司资产国有股占54.9%，内部职工持股45.1%。

1999年，江苏家宝集团公司取得自营外贸经营权，为全市民营企业中第一个获权企业，全年产品出口1000万美元。通州资亚医用材料有限公司通过中国进出口商品质量认证中心江苏评审中心评审，获得ISO 9002国际认证，成为南通市首个通过医用材料认证的外贸私营企业。2000年，全市新批3个自营出口生产企业，累计36个。此后，获权企业大幅度增加，至2008年，全市自营出口企业增至466个。