1998年9月8日，邮电分营，通州市邮政局成立。下设集邮公司、邮政速递公司、报刊发行投递公司、邮政广告公司和58个分支机构，其中，邮政支局21个、邮政所20个、邮政代办所17个。2001年2月20日撤销报刊发行投递公司，成立报刊零售公司。2002年3月21日成立物流配送部。2003年9月27日成立电信业务公司。2005年3月25日，邮政速递公司与物流配送部合并，组建邮政速递物流公司。2006年1月12日，增设城区交通路邮政支局；6月6日，电信业务公司更名为信息业务部；8月，报刊零售公司更名为报刊发行零售公司。2007年6月6日，邮政速递专业实行市、县一体化经营模式，撤销邮政速递物流公司，成立物流公司。2008年9月18日撤销邮政广告公司，成立函件、广告业务机构——邮政函件局；12月29日，物流业务并入南通市邮政速递物流公司通州分公司。2009年6月2日，撤销报刊发行零售公司，成立发行投递局。2009年6月底，市邮政局设职能机构3个：市场经营部、运行保障部和综合办公室；生产机构5个：邮政函件局、发行投递局、金融业务局、信息业务部和集邮公司；分支机构48个，其中，邮政支局24个：金沙、交通路、二甲、三余、十总、石港、平潮、兴仁、张芝山、西亭、东社、北兴桥、海晏、骑岸、五甲、四安、刘桥、新联、平东、五接、兴东、先锋、川港、姜灶支局；邮政所23个：人民路、通海路、通州路、金乐、金余、唐洪、袁灶、余北、余西、东余、恒兴、忠义、二窎、五总、英雄、五窑、李港、赵甸、新坝、横港、南兴、志浩、正场邮政所；邮政代办所1个，为环本代办所。

2008年5月，邮政储蓄银行通州支行成立。2009年6月底，共有分支机构8个，分别为建设路支行、平潮镇支行、三余镇支行、四安镇支行、骑岸镇支行、五接镇支行、新联支行、东余支行。

2008年12月29日，南通市邮政局设立南通市邮政速递物流公司通州市分公司，内设综合部、市场经营部两个职能机构。