公路养路费由市公路管理站负责征收。1994年前，执行《江苏省养路费征收和使用的实施办法》，凡按营运收入计征养路费的各类客货车辆，按营收总额15%计征，非营运车辆按每月每吨位105元计征。1994年1月1日起执行《江苏省公路养路费征收管理规定实施细则》，客货汽车按每吨每月160元计征，社会客运车辆按每吨每月220元计征。1996年7月1日起调整征收标准：客货汽车按每吨每月200元计征，社会客运车辆按每吨每月260元计征；非营运轿车按每辆每月120元计征，营运轿车按每辆每月200元计征。2009年1月1日零时起实行费改税，停止征收公路养路费。

航道养护费由市航道管理站负责征收。1994年3月16日，根据《江苏省内河航道养护费征收和使用办法实施细则》，市交通主管部门对专业航运企业的营业性船舶及其承运排筏和其他浮运物体，按其运费收入8%计征。对难以准确反映运费收入的营业性船舶、非营业性船舶以及排筏和其他浮运物体按下列标准计征：拖轮、推轮等按每月每千瓦10元计征；客轮按每月每总吨位7元计征；货轮、挂机船等按每月每总吨12元计征；客、货驳等非机动船按每月每总吨位3.5元计征；排筏和其他浮运物体按其通过江苏省航道里程，每立方米（吨）每公里5厘计征。

1998年起，执行省物价局、财政厅《关于降低内河航养费征收标准的通知》，调整航养费征收标准：拖轮、推轮按每月每千瓦9元计征；驳船、客轮按每月每总吨位3元计征；货轮按每月每总吨10元计征；挂机船按每月每总吨11.5元计征；排筏等浮运物体不再计征航养费；外省船舶上半月在江苏省起运客货一次以上的，按上述收费标准征收上半月航养费；下半月在江苏省起运客货一次以上的，按上述收费标准征收下半月航养费，不在江苏省起运客货的不计征航养费。2005年12月，全省实施航养费联网征收。2007年试行《江苏省航道赔（补）偿试行标准》。经过一年试运行，各界反映良好，对保护航道设施，保障航道安全畅通起到积极作用。2008年3月24日起，按省物价局、财政厅、交通厅规定，对境内航道的占用护岸、装卸作业、占用航道边坡行为征收航道赔（补）偿费用。

1993—1994年，根据1988年《江苏省关于开征水陆运输货物附加费的通知》和《关于贯彻征收水陆运输货物附加费实施办法的补充通知》规定，运输货物附加费采用在运输发票上按运费比例与运费并同计收和定额票据计收两种办法。运输货物附加费不分水陆、不分长短途，均按运费5%计征；定额计征的车、船每吨位每月2.5元。1995年1月1日起，运输企业按运输收入5%计征的运输货物附加费改按定额计征（运输经营者向货主按运费5%计征运输货物附加费规定不变），取消运输货物附加费“统缴证”。2009年1月1日零时起实行费改税，停止征收水陆运输货物附加费。

1993年—1994年6月，根据《关于汽车客票附加费征收实施办法》规定，客票附加费征收采用附票方法。征收标准：1～5公里免征，6～20公里每人每票征收0.05元，21～50公里每人每票征收0.1元，51～100公里每人每票征收0.15元，101～150公里每人每票征收0.2元，151公里以上每人每票征收0.25元。出租、旅游、包车按车辆核定座位，每次每座征收0.25元。

1994年7月1日起，实行统缴的单位改按每车6～8座/9～15座、16～20座、21～30/30以上座，每月分别以48元、60元、72元计征。1998年7月1日起，征收标准每人公里增加0.01元，每车座位每月相应调增为72元、90元、108元。2009年1月1日零时起实行费改税，停止征收汽车客票附加费。

1993年，继续执行1973年省交通厅、财政厅、物价局发布的《江苏省运输管理费征收和使用办法》规定，县以上交通专业运输企业按营运（营业）收入计征运输管理费（简称运管费）；非交通专业运输企业、单位和个人按定额计征运管费。征收标准为，按营运（营业）收入计征：市、县属从事道路客货运输企业，按营运（营业）收入1%计征；市、县直属从事水路客货运输企业，按营运（营业）收入1.5%计征；从事搬运装卸、运输服务业以及与交通运输有关其他业务收入，按营业收入1.5%计征。按定额计征：货运汽车每吨每月15元；客车5座以下的，在营运收入1%标准范围内制定定额征收标准，6～8座每座每月8元，9～15座每座每月5元，16～30座每座每月4元，31座以上每座每月2元；人力车及搬运装卸每人或每辆每月5元；船舶按核定载重吨每吨每月1.2元，每客位每月0.3元。

1995年调整征收标准，使用各类车、船从事营业性客、货运输的企业、单位和个人均实行定额计征；从事搬运装卸、运输服务（指货运委托、客运代办、联运服务、货物包装、仓储理货、存车）的企业、单位和个人，仍按营业收入1.5%计征，对营收难以准确统计的，比照有关部门核定的营收总额，按1.5%标准实行定额计征。2009年1月1日零时起实行费改税，停止征收运输管理费。

1993年初，继续执行《江苏省船舶港务费征收办法》规定，船舶每进港或出港一次，分别计征进港或出港船舶港务费。货轮、货驳、挂浆机船按每载重吨（指核定的最大载重吨，下同），拖轮按每马力，客轮、客驳、客货轮、车辆渡轮按每总吨，排筏及浮具按每立方米0.05元计征。4月10日调整征收标准：①船舶每进港或出港一次，分别计征进港或出港船舶港务费。货轮、货驳、挂浆机船、客轮、客驳、客货轮、车辆渡轮按每总吨，拖轮按每千瓦，排筏及水上浮具按每立方米各0.25元计征；②从事港内或市内航行和作业的船舶按每总吨（千瓦、立方米）每月2.4元征收；③县以上专业运输单位，根据其船舶总吨、千瓦、立方米各项总数，分别按每总吨（千瓦、立方米）每月1.6元或每季度4.8元计征；交通系统专业运输单位营业性船舶从1994年1月1日起执行。