市交通局设有安全生产委员会，组织指导全系统安全监管工作，并在局安技科设专门办公室，下属各单位由“一把手”负总责、分管领导和安全科长或安全员具体负责安全工作，全系统形成联络畅通，各负其责的安全管理网络体系。1995年起，实行安全目标管理个人风险抵押金制度。1999年出台《交通系统班组安全建设验收细则》，指导港口、施工企业推进安全管理新机制建设。2002年制定《交通系统事故隐患、危险点监控法实施细则》，确定危险监控点231个。2003年起，先后开展“水上交通安全专项整治”和“道路危险货物运输专项整治”等活动，突出查禁“三无”（无船名、无船籍港、无船舶证书）船舶，打击私渡、私运等违法行为。2008年，市交通局共组织全系统督查5次，排查出事故隐患121起，整改事故隐患121起，整改率100％。