1993年起，按照“统一、开放、竞争、有序”目标，市交通局探索运输市场管理新思路、新办法，逐渐形成“人便于行、货畅其流”的运输市场格局。客运市场由个体经营逐步转变为公司化经营，先后实施“线路公司化、车辆新型化”、公车公营、农村客运班车通达工程和汽车客运站标准化工程等，加快城乡公交一体化进程，对客运车辆实行定线路、定站点、定时间、定班次、定价格。1996年10月，会同开发区管委会、金沙镇政府制定《关于加强开发区装卸运输管理的意见》《通州开发区装卸市场管理实施办法（试行）》，使金沙地区装卸市场走上正轨，带动全市装卸市场发展。2002年3月，组建2个出租客运公司，实行“六统一”（统一车型、统一车体颜色、统一安装计价器和固定式顶灯、统一安装防护栏、统一明码标价、统一持证上岗）管理和公司化经营，开展星级驾驶员评定，推行“爱心车队”服务等活动。水运港口市场推行“运输船舶公司化”，水运业户实现规模化、规范化经营。同时，加强水上运政管理，维护水路运输市场秩序。2005年，按照货运市场规模化、规范化要求，对运输企业进行资质评定、重新组合，把好市场准入关、新增车辆技术关、从业人员资质关。2009年1月1日燃油税费改革后，运管部门重点加强运输市场监管，促使运输市场更为专业规范、竞争有序。

1993年，全市有各类汽车维修企业28个、专项修理业户118户，基本形成结构优化、高效便捷的汽车维修服务网络。1996年，为适应车型发展，以维修预防为主、技术与经济相结合为原则，确定并于次年实施维修体制“四改三”（四类维修企业改为三类维修企业，一类为汽车大修企业，二类为汽车一二级维护、小修企业，三类为专项修理业户）管理。1997年执行GB/T16739.1～16739.3-1997《汽车维修业开业条件》，全市三类业户和四类业户重新核定经营资质。同年3月成立汽车维修分会。1998年，国家调整汽车维修行业管理政策，取消维修行业管理费，导致行业管理队伍不稳定，维修市场发展受到抑制。1999年3月，市汽车维修行业管理所与市运输管理所合署办公后，将摩托车维修纳入行业管理，汽车维修行业进入健康发展轨道。2004年，《中华人民共和国道路运输条例》施行后，汽车维修行业迎来较好发展机遇，市场进一步规范。至2008年末，全市有一类维修企业5个、二类维修企业18个、三类专项修理业户289户。

1993年6月，通州市汽车综合性能检测站建立，根据“正确使用、定期检测、强制维护、视情修理”原则，对全市营运车辆技术状况进行技术等级评定，对汽车维修企业二级维护以上车辆进行竣工质量检测，并建立车辆技术档案，完善二级维护签证规定。2005年5月起，实行营运车辆二级维护过期催告制度，营运车辆技术状况得到较大改善。至2008年末，市汽车综合性能检测站共检测汽车11.4万辆，其中2008年检测8971辆。

1993年，全市仅有西亭汽车驾驶员培训中心和市第一汽车驾驶技术培训学校2个经省交通厅许可的驾驶员培训机构，市交通运输管理机构参与驾驶员培训许可审核及培训管理。2004年7月1日，《中华人民共和国道路运输条例》施行之后，市交通部门在驾驶员培训管理方面的职能得以加强，先后统一机动车驾驶员培训教材和教学大纲，启用机动车驾驶员培训教学日志和培训记录，加大机动车驾驶员培训资质和培训过程管理。2006年，全市驾驶员培训学校增加到6个，培训驾驶员5757人。2007年，参培驾驶员首次超万人。2008年，培训学校增加到13个，培训驾驶员1.45万人。2009年1—6月，全市培训驾驶员1.31万人。