1993—2000年，市航道管理站在航道养护方面，主要以机船疏浚、沉物打捞、航道护岸、航道测量等项目为主；有0.25立方米液压反铲挖泥船，35千瓦排泥船、吸泥船，6吨和25吨起吊能力打捞船各1艘；共完成疏浚土方19.5万立方米，打捞沉船117艘3312总吨。2001—2008年，完成江石线竖石河3.8公里石驳护岸工程，每年干线航道扫床2次，主要支线航道扫床1次；累计扫床里程697.3公里；清除无主沉船311艘6459总吨；免费疏浚通启河5公里；回填因建设通启高速公路取土坑9个8公顷、废沟呆塘造地4公顷，减少挖废土地3.33公顷。2004年6—8月，《中国交通报》《中国水运报》《新华日报》《南通日报》分别对市航道管理站河中取土复耕土地，免费疏浚航道，支持地方经济发展事迹进行报道。

1993—2005年，通州市创建省级文明航道2条，分别为通扬运河18公里和九圩港31.3公里；南通市级文明航道1条，为通吕运河25公里；文明样板航道74公里。市航道管理站每年人均上航300天左右，巡航里程9600公里。2005年11月，通州航政管理通过ISO 9001质量管理体系认证，在全国航政管理领域首开国际质量管理体系先河。2006年—2009年6月，航道巡航共3.78万公里，清障扫床2393.58公里，干线航道通航保证率达100%。

1993年，通州市辖区内设有刘桥、平潮通行信号标各1座。2003年在营船港和小李港设置侧面标灯7座。至2008年末，全市设有发光航行标5座、通讯信号标2座、示位标2座、左右通行标1座、界限标5座、指航牌8座、鸣笛标2座、宣传牌8块、地名牌12块。