1992—1994年，全市（县）共完成砂石公路黑色化改造340公里。2002年养护体制改革后，公路养护由专业养护公司负责，市公路管理站履行养护监管职能。至2009年6月底，市公路管理站养护监管里程2349.47公里，其中，国道76.03公里（包括高速64.14公里）、省道131.47公里、县道372.0公里、乡道902.1公里、村道867.87公里。2001年—2009年6月，维修和改造国、省干线131.92公里，干线公路好路率93.5％；改造支线公路60公里。

市公路管理站与市人民法院于1992年联合成立公路管理合议庭后，路政管理工作得到加强，公路两侧建筑控制区内建房现象明显减少。1995年，市政府出台《关于公路清理整治工作的意见》后，对公路两侧5米内民房、临时棚披、围墙、堆积物、木材市场等违章现象进行清理整治，公路通行能力得到提高。1998年1月1日起，市公路管理站宣传贯彻落实《中华人民共和国公路法》《江苏省公路条例》等，对全市范围内公路进行行政管理，依法治路。2004年12月，通州路政管理通过ISO 9001质量管理体系认证。2008年协助市政府出台加强公路两侧建筑控制区管理的有关规定。2009年初，着手创建路政合格镇村工作。

2003年前，全市公路标志标线还不尽完善。2003年，通州市按照省、南通市公路管理部门关于对境内国、省干线公路实施安保工程要求，开始对全市干线公路实施安保工程。至2008年末，全市579公里干线公路和县道均施划标线，按1999年国标设置指路标志274块、禁令标志591块、警告标志990块、指示标志716块，S223、S335、S336等省道有118.16公里实施安保工程。