市交通局主管全市交通工作，业务上受南通市交通局指导。2008年，下设公路、航道、海事、运政和交通工程质量监督等管理机构。

通州市运输管理处  前身为南通县运输管理所，建于1959年6月。1999年3月，市运输管理所与汽车维修行业管理所合署办公。2000年6月，市交通局运政稽查大队与市运输管理所合署办公。2005年3月，市运输管理所改称市运输管理处，撤销市汽车维修行业管理所，保留市交通局运政稽查大队牌子。2007年1月，市运输管理处升格为相当副科级建制，主要职责：审批、审核、呈报水陆运输及其相关业务的申请，发放经营许可证件；负责运输市场管理，监督、检查运输业经营活动、营运证照、经营范围、服务质量、运输纪律及运价、票证等。

通州市交通局运政稽查大队  原称通州市交通道路稽查队，1993年10月建，全民事业单位。2000年6月更名为通州市交通局运政稽查大队，与市运输管理所合署办公。2002年7月，金沙、二甲、三余、平潮、石港、兴仁、张芝山、刘桥、十总交通管理所，分别增挂“通州市交通局运政稽查大队××中队”牌子，相应承担辖区内交通道路运政稽查职责。后几经变革，至2005年，调整为金沙、平潮、三余、张芝山4个运输管理所，挂“通州市交通局运政稽查大队××中队”牌子。主要职责：负责运输市场动态管理，依法上路检查运输经营业户运输政策、法规执行情况和交通规费缴纳情况；对违反交通运输法规和欠缴、漏缴、拒缴、逃缴交通规费的违法行为依法实施处罚等。

通州市汽车维修行业管理所  始建于1988年5月。1994年12月增挂“通州市机动车技术管理所”牌子。主要职责：对辖区内从事车辆维修改装、检测的单位和个人进行管理、指导、监督、检查和协调服务；负责技术业务管理人员和机动车驾驶、维修、检测人员岗位培训、技术定级和考核发证工作等。1999年3月，市汽车维修行业管理所与市运输管理所合署办公。2005年3月，市汽车维修行业管理所撤销，相关职能并入市运输管理处。

交通管理所  1993年通州设市之初，有金沙、三余、余西、十总、石港、刘桥、平潮、兴仁、通海9个区交通管理所（简称交管所）。1996年撤区后，余西交管所更名为二甲交管所，通海交管所更名为张芝山交管所。2003年5月，9个交管所合并成金沙、平潮、三余、张芝山4个交管所，分别增挂通州市交通局运政稽查大队金沙、平潮、三余、张芝山中队牌子，属行政管理型事业单位。主要职责：负责运输市场源头管理，对运输经营活动实施监督检查，调解运输纠纷，维护运输市场秩序等。2005年3月，交管所撤销，人员、编制并入市运输管理处及下属机构。

通州市地方海事处  前身为南通县港航监督所，建于1987年8月。2001年6月改称地方海事处，与市船舶检验处合署办公。主要职责：负责全市通航水域水上安全监管、船舶签证、事故调处、规费征收等。

通州市船舶检验处  原称通州市船舶检验所。主要职责：贯彻执行船舶技术监督检验的条例、规范、规则以及有关标准和规定，并收集、整理、上报其修改意见或建议，以及全市辖区船长小于30米且主机功率在44千瓦以下一般干货船舶的营运检验，并签发相应船舶检验证书等。因该类船舶数量太少，2005年7月，通州负责此类船舶检验、签章等业务移交南通市地方海事局办理。

通州市水上稽查大队  建于1996年9月，与市港航监督所（市地方海事处）合署办公，业务上接受南通市交通主管部门指导。主要职责：负责水路航政、运政动态管理，查处船舶违反航政、运政管理行为；实施港航现场监督管理，查处违反水上交通安全管理行为等。2003年6月在事业单位机构改革中撤销。

通州市航道管理站  建于1976年，主要职责：负责境内航道管理、养护和航标设置、维护及航养费征收等。2002年12月改为行政管理型事业单位，其工程养护施工职能与单位剥离，另成立市茂盛内河疏浚打捞有限公司。

通州市航政大队  建于2003年9月。下设3个派驻中队，分别设在金西桥、江海闸和刘桥桥北。主要职责：负责所辖航道保护，制止偷盗、破坏航道设施、侵占和损坏航道行为；对违反航道法规行为进行查处，并对辖区内航行船舶进行航养费的稽查征收和对损坏、占用航道设施的赔（补）偿费收取。

通州市公路管理站  建于20世纪50年代，主要职责：拟订公路行业发展规划、中长期计划并监督实施；负责公路行业统计和信息引导；对重点物资运输和紧急客货运输实施公路保障等。

通州市路政大队  2001年8月成立南通市路政支队通州大队，与通州市公路管理站合署办公，下设1个直属中队、3个派驻中队（分别设在十总工区、正场工区、石西工区）。主要职责：依法实施辖区内公路路政管理工作，宣传、贯彻执行公路管理法律、法规和规章，保护公路、公路用地及附属设施，实施路政巡查等。