1990年4月起，根据省交通厅和省物价委员会规定，水运价格由吨位基价改为停泊基价，原1.5元／吨调为3元／吨。1996年9月20日起，根据南通市《关于转发省交通厅、省物价局〈关于整顿水路货物运输价格的通知〉的通知》规定，水路货物运价实行国家定价、国家指导价、市场调节价3种形式。抢险、救灾、化肥、农药、粮食、电煤、军事运输实行国家定价；对运输有特殊要求的鲜活、贵重等货物运输，特种专用船舶（散油运输船除外）、挂机船和非机动船舶运输，船舶出租、机动船拖带以及竹木排运输（除国家定价的物资运输外）等实行市场调节价，由承托双方协商定价，部分定期公布运价的作为参考价；其他货物或船舶运输实行国家指导价，即在省定价基础上在20%幅度内由经营者自行定价。取消单程运输、疏港、难行航道、超长超重、航班船及客班附货等加成规定。整顿后货物基本运价为：船舶吨位基价5元/吨，200公里以内里程单价0.06元/吨公里，200公里以上里程单价0.05元/吨公里。水路货物运输一律取消向货主收取燃油差价补贴。