1993年8月24日，南通兴东机场重建工程竣工后，民航南通航站开辟南通至广州往返航线。8月28日，开辟南通至北京往返航线。1994年3月30日开辟南通至厦门往返航线。1995年11月8日开辟南通至成都、南通至深圳往返航线。2009年6月营运航线有：南通—北京、盐城—南通—广州、厦门—南通、沈阳—青岛—南通、深圳—南通—天津、南通—武汉—成都。

1993年3月10—11日，塔吉克斯坦共和国最高苏维埃主席拉赫莫诺夫访问南通市，机场完成北京—南通、南通—上海专机保障任务。1994年9月8—9日，加蓬总理卡西米尔·奥耶·姆巴访问南通市，完成北京—南通往返专机保障任务。1994年12月7日完成中共中央政治局常委、国务院副总理朱镕基北京—南通往返专机保障任务。1996年1月14日完成中共中央政治局常委、国务院总理李鹏北京—南通往返专机保障任务。1996年5月18日完成中央军委副主席、国务委员兼国防部长迟浩田北京—南通往返专机保障任务。2001年4月10日完成中共中央政治局常委、中央纪委书记尉健行北京—南通往返专机保障任务。2003年12月2日、3日，分别保障澳大利亚前总理霍克上海—南通和新西兰前总理希普莉北京—南通航班。2004年12月23日保障中共中央政治局常委、中央政法委书记罗干北京—南通专机。2006年10月25日保障中央军委副主席曹刚川专机抵通。2007年12月20日保障国务院副总理曾培炎专机抵通。

1993年，民航南通站旅客吞吐量仅1.84万人次，货邮吞吐量219.5吨。之后，客货运量逐年升高，1996年旅客吞吐量14.5万人次、货邮吞吐量2214吨。1998年起，受东南亚经济危机以及上海航空市场激烈竞争影响，机场客货运量逐年下降，2003年仅完成旅客吞吐量6.41万人次、货邮吞吐量1107.5吨。2004年起开始复苏。2008年完成旅客吞吐量16.14万人次、货邮吞吐量2652.9吨。2009年1—6月，完成旅客吞吐量10.38万人次、货邮吞吐量1460.1吨。